prikaz prve stranice dokumenta Povezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije
Access restricted to students and staff of home institution
master's thesis
Povezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije
Rijeka: University of Rijeka, 2021. urn:nbn:hr:193:865302
Mioč, Ana
University of Rijeka
Faculty of Biotechnology and Drug Development

Institutional repository: Repository of the University of Rijeka, Faculty of Biotechnology and Drug Development

Cite this document

Mioč, A. (2021). Povezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije (Master's thesis). Rijeka: University of Rijeka. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:865302

Mioč, Ana. "Povezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije." Master's thesis, University of Rijeka, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:865302

Mioč, Ana. "Povezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije." Master's thesis, University of Rijeka, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:865302

Mioč, A. (2021). 'Povezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije', Master's thesis, University of Rijeka, accessed 24 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:865302

Mioč A. Povezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije [Master's thesis]. Rijeka: University of Rijeka; 2021 [cited 2024 December 24] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:865302

A. Mioč, "Povezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije", Master's thesis, University of Rijeka, Rijeka, 2021. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:865302

Metadata
TitlePovezanost genetske varijacije cirkadijalnog NPAS2 gena i rizika od raka pomoću umjetne inteligencije
Title (english)Relationship between genetic variation of the circadian NPAS2 gene and cancer risk using artificial intelligence
AuthorAna Mioč
MentorElitza Petkova Markova - Car (mentor)
Committee memberMirela Sedić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberSanja Dević Pavlić (član povjerenstva)
Committee memberElitza Petkova Markova - Car (član povjerenstva)
GranterUniversity of Rijeka
(Faculty of Biotechnology and Drug Development)
Rijeka
Defense date and country2021-09-27, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOTECHNICAL SCIENCES
Biotechnology
Abstract
Cirkadijalni ritam je prirodan ritam u svim živim organizmima koji se ponavlja približno svaka 24 sata. Uloga ovoga ritma je regulacija ciklusa spavanja i budnosti, te psiholoških, metaboličkih i fizioloških procesa. Na molekularnoj razini kontroliran je satnim genima pomoću autoregulacijskih povratnih sprega. Deregulacija ovog ritma dovodi do različitih patoloških stanja uključujući dijabetes, metaboličke sindrome, depresiju i rak. Ekspresija satnih gena ili disrupcija cirkadijalnog ritma novi su i potencijalno promjenjivi čimbenici koji utječu na rizik od razvoja raka. Polimorfizam jednog nukleotida (engl. Single nucleotide polymorphism - SNP) označava promjenu jedne baze u DNA sekvenci što znači da se na jednome položaju u sekvenci mogu naći dva nukleotida. U ovome su istraživanju prikupljeni podaci iz 12 studija slučajeva i kontrola koje su obuhvaćale 7791 pacijenta koji boluje od raka i 7938 zdravih kontrola. U studijama su se nalazili podaci o frekvencijama genotipova SNP-ova NPAS2 gena. Istraživanje je bilo fokusirano na dva SNP-a: rs2305160 i rs17024926. Na temelju prikupljenih podataka, statističkim je metodama istražena povezanost između genetskih varijacija NPAS2 gena i rizika za razvoj raka. Rezultati su pokazali statistički značajnu poveznicu između rs2305160 i raka. Detaljnija analiza provedena prema vrsti raka pokazala je da rs2305160 može imati protektivnu ulogu od pojave raka dojke, dok rezultati kod raka prostate nisu bili statistički značajni. Za rs17024926 polimorfizam nije pronađena značajna povezanost kod niti jednog ispitanog modela nasljeđivanja. Konačno, razvijen je algoritam umjetne inteligencije koji na temelju unesenih podataka predviđa vrstu raka o kojoj se radi (rak dojke ili ostale vrste).
Abstract (english)
Circadian rhythm is a natural process in all living organisms which repeats approximately every 24 hours. The role of this rhythm is to regulate the sleep–wake cycle, our psychological, metabolic and physiological processes. On molecular level, circadian rhythm is controlled by so-called clock genes via autoregulatory feedback loops. Deregulation of these rhythms leads to a number of pathological conditions including diabetes, metabolic syndrome, depression and cancer. For that reason, expression of clock genes or disruption of circadian rhythms is emerging as a novel and potentially modifiable cancer risk factor. Single nucleotide polymorphism (SNP) stands for single base change in a DNA sequence, with a usual alternative of two possible nucleotides at a given position. In this study, the data from 12 case-control studies with 7791 cancer patients and 7938 cancer-free controls were collected. Those studies contained available genotype frequencies of the SNPs in NPAS2 clock gene. The study was focused on two SNPs: rs2305160 and rs17024926. Based on that data, the association between genetic variations in NPAS2 gene and the risk of developing cancer was investigated using statistical tools. The results showed statistically significant associations of rs2305160 with cancer risk. Stratified analysis by cancer type indicated that rs2305160 may decrease the risk of breast cancer, whereas results for prostate cancer did not have statistical importance. For rs17024926 polymorphism, there was no significant association under any genetic model. Furthermore, Artificial Intelligence (AI) algorithm was developed to predict the type of cancer (breast or mixed).
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:193:865302
Study programmeTitle: Biotechnology in medicine
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra biotehnologije u medicini (magistar/magistra biotehnologije u medicini)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsAccess restricted to students and staff of home institution
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2021-10-26 11:43:38