Sustavi agrarne proizvodnje ovise o razvijenosti ruralnih područja, navikama stanovništva te tržištu za koje se hrana proizvodi. U hrvatskom agraru se događaju velike promjene u gospodarstvima zbog potražnje i prodaje poljoprivrednih proizvoda. Tako je potrebno razlikovati pet sustava agrarne proizvodnje: konvencionalna poljoprivreda, održiva poljoprivreda, ekološka poljoprivreda, multifunkcionalna poljoprivreda, integralna poljoprivreda. Konvencionalna poljoprivreda je najprofitabilniji sustav, ali ujedno najviše onečišćuje okoliš zbog velike upotrebe agrokemikalija. Održiva poljoprivreda proizvodi kvalitetniju i zdraviju hranu, brine o ravnoteži zaposlenosti i prihoda te brine o zaštiti okoliša, ali zbog nedovoljno razvijenih agrotehničkih mjera ovaj sustav se ne razvija dovoljno. Ekološka poljoprivreda proizvodi najzdravije prehrambene proizvode, najmanje se ulaže u nju, ne koristi agrokemikalije, te najviše doprinosi očuvanju bioraznolikosti. Multifunkcionalna proizvodnja obuhvaća sve glavne zadatke prethodnih sustava, ali problem u razvitku sustava je što postoji razlika u razvijenosti poljoprivrede u zemljama pa je teško uspostaviti ravnotežu u proizvodnji, prometu. Integralna proizvodnja teži uspostavi ravnoteže između socijalnih potreba, isplativosti i zaštite okoliša. Također, broj proizvođača u Republici Hrvatskoj u integriranoj proizvodnji se mnogo povećao u razdoblju od 5 godina. Dok neki sustavi nastoje što više zaštiti okoliš izbjegavajući koristiti agrokemikalije, drugi ga sustavi previše onečišćuju koristeći ih.