prikaz prve stranice dokumenta Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji
No public access
master's thesis
Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2023. urn:nbn:hr:168:310900
Šimičević, Korina
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Šimičević, K. (2023). Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:310900

Šimičević, Korina. "Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:310900

Šimičević, Korina. "Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:310900

Šimičević, K. (2023). 'Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 23 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:310900

Šimičević K. Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2023 [cited 2024 November 23] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:310900

K. Šimičević, "Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2023. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:310900

Metadata
TitleGrupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji
Title (english)Protein sequence clustering in the context of gene family evolution
AuthorKorina Šimičević
MentorMirjana Domazet-Lošo (mentor)
Committee memberMirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
Committee memberTomislav Jagušt (član povjerenstva)
Committee memberDanijel Mlinarić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2023-07-03, Croatia
Abstract
Grupiranje proteinskih sljedova igra bitnu ulogu u određivanju evolucije genskih obitelji, grupe proteina sa značajnom sličnosti slijedova za koje se smatra da dijele biološke funkcionalnosti. Kako bi se odredila evolucija genskih obitelji, potrebno je identificirati u kojem je trenutku obitelj nastala, i potencijalno, nestala. U ovome sam radu istražila algoritme i alate koji se koriste za grupiranje proteinskih slijedova, metode temeljenje na filogeniji za odreživanje evolucije gena te metoda za modeliranje nastanka i gubitka genskih obitelji. Naposljetku sam primjenila dvije mjere kako bih analizirala grupe (genske obitelji) koje su potvrdile robusnost obrasca nastanka i gubitka genskih obitelji.
Abstract (english)
In the context of gene family evolution, protein sequence clustering is vital in determining gene families, a group of proteins with significant sequence similarity presumed to share biochemical functions. To determine the gene family's evolution, it is essential to identify when the family originated, and potentially, when it was lost. In this thesis, I explored different algorithms and tools used to cluster protein sequences, as well as phylogeny-based methods to study genomic evolution, and finally, different methods for modelling the gain and loss of gene families. Ultimately, I applied two measures in order to analyse clusters (gene families), which confirmed the robustness of the obtained patterns of gene families' gain and loss.
Keywords
Keywords (english)
Languageenglish
URN:NBNurn:nbn:hr:168:310900
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2023-10-11 10:39:09