prikaz prve stranice dokumenta Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja
No public access
undergraduate thesis
Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2017. urn:nbn:hr:168:809403
Bradač, Mislav
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Bradač, M. (2017). Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja (Undergraduate thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:809403

Bradač, Mislav. "Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:809403

Bradač, Mislav. "Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:809403

Bradač, M. (2017). 'Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja', Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 06 August 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:809403

Bradač M. Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja [Undergraduate thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2017 [cited 2024 August 06] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:809403

M. Bradač, "Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja", Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2017. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:809403

Metadata
TitleAlgoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja
Title (english)Algorithm for the Alignement of Two Partial Order Alignment Graphs
AuthorMislav Bradač
MentorMile Šikić (mentor)
Committee memberMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Committee memberRobert Vaser (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2017-07-10, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		TECHNICAL SCIENCES
Computing
Abstract
Poravnanja više slijedova je jedan od temeljnih problema bioinformatike. Za analitično poravnanje dva slijeda već se desecima godina koristi Smith-Waterman obitelj algoritama, no zbog svoje velike prostorne i vremenske složenosti ti algoritmi nisu pogodni za poravnanje većeg broja slijedova. Kao prvi korak poravnanja većeg broja slijedova izgrađuje se graf poravnanja parcijalnog uređaja koristeći modificirani Smith-Waterman algoritam. Tako izgrađen graf pogodan je za daljnu analizu slijedova: generiranje poravnanja većeg broja slijedova te pronalaženja konsenzusa. U ovom radu predstavljen je algoritam za spajanje dva već postojeća grafa poravnanja parcijalnog uređenja koji zbog korištenja već izgrađenog grafa smanjuje broj koraka potrebnih za igradnju većeg grafa.
Abstract (english)
Sequence alignment is one of fundemental problems in bionformatics. Alignment of two sequences is done using Smith-Waterman family of algorithms. These algorithms are not useable for alignment of multiple sequences because of theirs big time and memory complexity. Partial order alignment (POA) graph is a first step of calculating multiple sequence alignment efficiently. POA graph is suitable for further analysis of sequences: calculation of multiple sequence alignment and concensus generation. In this thesis algorithm for merging two already existing POA graph is presented. Algorithm reduces number of steps needed to build bigger POA graphs by reusing parts of existing ones.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:168:809403
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2019-03-13 19:16:08