prikaz prve stranice dokumenta Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma
No public access
undergraduate thesis
Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2017. urn:nbn:hr:168:489713
Floreani, Filip
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Floreani, F. (2017). Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma (Undergraduate thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:489713

Floreani, Filip. "Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:489713

Floreani, Filip. "Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:489713

Floreani, F. (2017). 'Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma', Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 06 August 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:489713

Floreani F. Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma [Undergraduate thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2017 [cited 2024 August 06] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:489713

F. Floreani, "Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma", Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2017. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:489713

Metadata
TitleRučno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma
Title (english)Manual Detection of False Overlaps Occured During the Genome Assembly Process
AuthorFilip Floreani
MentorMile Šikić (mentor)
Committee memberMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Committee memberRobert Vaser (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2017-07-10, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		TECHNICAL SCIENCES
Computing
Abstract
Proces sastavljanja genoma temeljen je na analizi preklapanja kratkih očitanja genetskog materijala. Zbog očitanja loše kvalitete, kao i zbog prisutnosti kimernih i ponavljajućih očitanja, osim ispravnih preklapanja pojavljuju se i lažna preklapanja. Detekcija lažnih preklapanja ključna je u postizanju boljeg konačnog rezultata. Jedna od metoda detekcije je generiranje 1D-signala temeljenog na izračunu broja preklapanja svake nukleinske baze pojedinog očitanja, koji se potom prikazuje u obliku grafa. Kroz ovaj rad predstavljeno je aplikacijsko rješenje za Android uređaje, kojim je moguće označiti regije u kojima se pojavljuju lažna preklapanja, kao i sortirati grafove po predefiniranim kategorijama. U radu je data teorijska osnova rješenja, kao i detalji njegove implementacije i konačnog ispitivanja.
Abstract (english)
The genome assembly process is based on overlapping and analyzing short reads of genetic information. False positive overlaps arise in addition to true positive overlaps, as a result of low quality, chimeric and repetitive reads. Detection of these false positive overlaps is key to constructing more accurate and complete genomes. One of the methods for detecting such overlaps is by generating a 1D-signal based on the number of overlaps of each nucleobase in a read, which can then be shown in the form of a chart. This thesis presents an Android application for demarking areas of false overlaps on the aforementioned charts, as well as sorting charts in predefined categories. Both the theoretical and practical solution, as well as the testing process, have been documented inside of this paper.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:168:489713
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2019-03-13 20:15:15