prikaz prve stranice dokumenta De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja
No public access
master's thesis
De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2018. urn:nbn:hr:168:989610
Škugor, Luka
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Škugor, L. (2018). De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:989610

Škugor, Luka. "De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:989610

Škugor, Luka. "De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:989610

Škugor, L. (2018). 'De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 05 October 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:989610

Škugor L. De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2018 [cited 2024 October 05] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:989610

L. Škugor, "De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2018. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:989610

Metadata
TitleDe novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja
Title (english)De Novo Metagenome Assembly Using Read Clustering
AuthorLuka Škugor
MentorMile Šikić (mentor)
Committee memberMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMarko Subašić (član povjerenstva)
Committee memberKrešimir Križanović (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2018-07-05, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		TECHNICAL SCIENCES
Computing
Abstract
Kod metagenomskog sastavljanja, suočeni smo s mnogim dodatnim izazovima u odnosu na sastavljanje jednog genoma. U ovom radu, pokušali smo riješiti ove probleme grupiranjem segmenata koje proizvode alati treće generacije za sekvenciranje. U idealnom slučaju, to bi omogućilo korištenje postojećih de novo alata za sastavljanje genoma na metagenomskom uzorku. Naša implementacija grupiranja je donekle poboljšala postojeće alate za de novo sastavljanje kod primjene na metagenomskom uzorku, no još uvijek su potrebna daljnja istraživanja. Izvorni kod rješenja dostupan je na adresi https://github.com/lukadante/rala-cluster.
Abstract (english)
Metagenomic assembly poses many additional challenges over single genome assembly. In this work, we tried tackling these issues by clustering reads produced by third-generation sequencing tools. In an ideal case, this would allow the use of existing de novo assembly tools for single genome assembly on metagenomic input. Our clustering implementation showed some improvement of existing tools for de novo assembly when using them for metagenome assembly, but still requires a lot of research. The source code of the solution is available at https://github.com/lukadante/rala-cluster.
Keywords
Keywords (english)
Languageenglish
URN:NBNurn:nbn:hr:168:989610
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2019-03-14 01:20:47