prikaz prve stranice dokumenta Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja
No public access
undergraduate thesis
Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2022. urn:nbn:hr:168:465196
Meter, Josip
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Meter, J. (2022). Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja (Undergraduate thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:465196

Meter, Josip. "Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:465196

Meter, Josip. "Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:465196

Meter, J. (2022). 'Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja', Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 24 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:465196

Meter J. Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja [Undergraduate thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2022 [cited 2024 December 24] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:465196

J. Meter, "Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja", Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2022. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:465196

Metadata
TitlePoboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja
Title (english)Genome Scaffolding Using Statistical Analysis of Hi-C Sequencing
AuthorJosip Meter
MentorKrešimir Križanović (mentor)
Committee memberKrešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMile Šikić (član povjerenstva)
Committee memberJosip Marić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2022-06-27, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		TECHNICAL SCIENCES
Computing
Abstract
Prilikom sekvenciranja gena, nije moguće sastaviti cijeli genom. Umjesto toga dobivamo manja očitanja koja nazivamo kontizi. Koriste se razne metode tehnike sastavljanja genoma iz kontiga, među kojima je i Hi-C sekvenciranje. Hi-C sekvenciranje se temelji na gustoći kromatinskih veza između kontiga. Kromatinske veze su gušće između bližih dijelova genoma, a gustoća linearno opada s udaljenošću. Postoji algoritam sastavljanja genoma pomoću Hi-C sekvenciranja koji se sastoji od tri koraka. U prvom koraku kontige raspoređujemo po kromosomima. U drugom koraku određujemo redoslijed kontiga unutar kromosoma. U trećem koraku orijentiramo kontige unutar kromosoma. Program je testiran na podatcima čovjeka, te na simuliranim podatcima.
Abstract (english)
While sequencing the genome we cannot assemble the whole genome. Instead, we get a set of smaller reads which we call contigs. Various methods are used to assemble the whole genome out of contigs, including Hi-C sequencing. Hi-C sequencing is based on the density of chromatin interactions between contigs. Chromatin interactions are denser between closer parts of genome, while density decreases linearly with distance. There exists an algorithm for genome assembly using Hi-C sequencing which consists of three steps. In the first step, we cluster contigs into chromosomes. In the second step, we order contigs within chromosomes. In the third step, we assign contig orientations. Program has been tested on human data and on simulated data.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:168:465196
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2023-01-14 21:10:44