Tijekom Drugog svjetskog rata, na području današnje Republike Hrvatske i Republike Bosne i Hercegovine, uz podršku sila osovine osnovana je Nezavisna Država Hrvatska (NDH) u kojoj je sve bitne političke odluke donosio ustaški pokret pod vodstvom Ante Pavelića. Državne su vlasti oblikovale specifičan odnos prema različitim vjerskim i etničkim skupinama. Prema bosansko-hercegovačkim muslimanima primjenjivana je politika pridobivanja koja se temeljila na tvrdnji da su oni rasno najčišći dio hrvatskoga naroda koji je tijekom specifičnog povijesnog razvoja prihvatio islam. Međutim, politika je ustaškog režima naišla na vrlo ograničen odaziv kod muslimana koji su nerijetko putem rezolucija i zahtjeva upućenih nacističkoj Njemačkoj izražavali nezadovoljstvo ustaškom vlašću. Odnos prema Židovima i Romima bio je znatno drugačiji i određen rasnim zakonima koji su pripadnike ovih dvaju naroda proglasili nearijevcima. Oduzimana im je imovina i bili su lišeni građanskih prava. Mnogi od njih okončali su svoje živote u ustaškim logorima smrti, najveći broj u Jasenovcu. Ustaške su vlasti na poseban način tretirale Srbe unutar državnih granica. Prvobitna ideja bila je pomoću iseljavanja, pokrštavanja i masovnih pokolja obračunati se s najvećom nacionalnom manjinom koja je činila gotovo trećinu stanovništva. Tijekom vremena, zbog odlaska velikog broja Srba u partizane, čelnici države su djelomično ublažili svoju politiku prema Srbima u Hrvatskoj koje su počeli razlikovati od Srba u matičnoj zemlji. Osnovana je Hrvatska pravoslavna crkva kao autokefalna institucija na prostoru NDH koja je trebala zamijeniti nekadašnje djelovanje Srpske pravoslavne crkve, ali je i ona prihvaćena u vrlo ograničenoj mjeri među srpskim stanovništvom. Naposljetku, kako se rat bližio kraju, postajalo je jasno da će politika Ante Pavelića doživjeti neuspjeh te je on par dana prije svoga odlaska iz države povukao sve rasne zakona koji su dotada vrijedili.