prikaz prve stranice dokumenta Uloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija
  Download
PDF 286.45 KB
master's thesis
Uloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija
Zagreb: University of Zagreb, School of Medicine, 2021. urn:nbn:hr:105:350254
Pešorda, Lucija
University of Zagreb
School of Medicine
Department of Medical Microbiology and Parasitology

Institutional repository: Dr Med - University of Zagreb School of Medicine Digital Repository

Cite this document

Pešorda, L. (2021). Uloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, School of Medicine. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:105:350254

Pešorda, Lucija. "Uloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija." Master's thesis, University of Zagreb, School of Medicine, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:105:350254

Pešorda, Lucija. "Uloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija." Master's thesis, University of Zagreb, School of Medicine, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:105:350254

Pešorda, L. (2021). 'Uloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija', Master's thesis, University of Zagreb, School of Medicine, accessed 22 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:105:350254

Pešorda L. Uloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, School of Medicine; 2021 [cited 2024 November 22] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:105:350254

L. Pešorda, "Uloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija", Master's thesis, University of Zagreb, School of Medicine, Zagreb, 2021. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:105:350254

Metadata
TitleUloga cijelogenomskog sekvenciranja u karakterizaciji multirezistentnih Gram-negativnih bakterija
Title (english)The role of whole genome sequencing in characterisation of multi-resistant Gram-negative bacteria
AuthorLucija Pešorda
MentorBranka Bedenić (mentor)
Committee memberJasmina Vraneš (predsjednik povjerenstva)
Committee memberNataša Beader (član povjerenstva)
Committee memberBranka Bedenić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
School of Medicine
(Department of Medical Microbiology and Parasitology)
Zagreb
Defense date and country2021-09-02, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Clinical Medical Sciences
Medical Microbiology
Abstract
U ovom radu se opisuje uloga cjelogenomskog sekvencioniranja u opisivanju multirezistentnih gram-negativnih (MDRGN) bakterija. Unutar ove teme obrađeni su i mehanizmi rezistencije te njihova genetska podloga. Također je opisan princip rada cjelogenomskog sekvencioniranja. Multirezistentne gram-negativne bakterije su bakterije koje imaju rezistenciju na 2 ili više antibiotika. Mehanizmi rezistencije imaju genetsku podlogu te se stoga osim klasičnim fenotipskim metodama mogu određivati i novijim molekularnim metodama. Jedna takva metoda je cjelogenomsko sekvencioniranje. Cjelogenomskim sekvencioniranjem možemo dobiti gotovo čitavu DNA sekvencu nekog organizma. Cjelogenomskim sekvencioniranjem MDRGN bakterija možemo odrediti gene rezistencije, a uz upotrebu strojnog učenja moguće je otkriti nove gene rezistencije. U detekciji gena rezistencije ovom metodom koriste se različiti bioinformatički programi. Takvi programi sadrže mehanizam detekcije gena rezistencije i bazu podataka s poznatim genima rezistencije. Cjelogenomsko sekvencioniranje je moguće koristi za detekciju rezistencije MDRGN bakterija, istraživanje evolucije antibiotske rezistencije MDRGN bakterija, nadziranje epidemija uzrokovanih MDRGN bakterijama te radi uspostava mjera kontrole širenja infekcija u klinci. Cjelogenomsko sekvencioniranje se pokazalo kao vrlo vrijedno sredstvo u karakterizaciji MDRGN bakterija i u borbi protiv antibiotske rezistencije. Donedavno se vrlo rijetko koristilo zbog skupoće i manjka točnih i pouzdanih pristupa. Danas se to mijenja zbog velikog povećanja efikasnosti DNA sekvencioniranja, pada cijena sekvencioniranja i pojave robusnih računalnih alata.
Abstract (english)
The topic of this paper is the role of whole-genome sequencing (WGS) in describing multidrug-resistant gram-negative (MDRGN) bacteria. Within this topic, the mechanisms of resistance and their genetic background are also discussed. The working principle of WGS is also described. Multidrug-resistant gram-negative bacteria are bacteria that are resistant to 2 or more antibiotics. The mechanisms of resistance have a genetic basis and therefore, in addition to classical phenotypic methods, they can also be determined by newer molecular methods. One such method is WGS. By WGS, we can obtain almost the entire DNA sequence of an organism. By WGS of MDRGN bacteria, we can determine resistance genes, and with the use of machine learning, it is possible to detect new resistance genes. Various bioinformatics programs are used in the detection of resistance genes by this method. Such programs contain a gene detection platform and a database with known resistance genes. WGS can be used to detect MDRGN bacterial resistance, investigate the evolution of antibiotic resistance in MDRGN bacteria, monitor epidemics caused by MDRGN bacteria, and to establish measures to control the spread of infections in the clinic. WGS has proven to be a very valuable tool in the characterization of MDRGN bacteria and invaluable in the fight against antibiotic resistance. Until recently, it was very rarely used due to its high cost and lack of accurate and reliable approaches. Today, this is changing due to the large increase in DNA sequencing efficiency, lower sequencing costs, and the emergence of robust computer tools.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:105:350254
Study programmeTitle: Medicine
Study programme type: university
Study level: integrated undergraduate and graduate
Academic / professional title: doktor/doktorica medicine (doktor/doktorica medicine)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2022-03-25 13:14:25