prikaz prve stranice dokumenta Komparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju
  Download
PDF 1.07 MB
master's thesis
Komparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju
Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2024. urn:nbn:hr:152:768939
Kenjerić, Nives
Josip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek

Institutional repository: Repository of the Faculty of Medicine Osijek

Cite this document

Kenjerić, N. (2024). Komparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju (Master's thesis). Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768939

Kenjerić, Nives. "Komparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju." Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768939

Kenjerić, Nives. "Komparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju." Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768939

Kenjerić, N. (2024). 'Komparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju', Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, accessed 25 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768939

Kenjerić N. Komparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju [Master's thesis]. Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek; 2024 [cited 2024 November 25] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768939

N. Kenjerić, "Komparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju", Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, Osijek, 2024. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:768939

Metadata
TitleKomparativna analiza klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu za HLA tipizaciju
Title (english)Comparative analysis of the conventional PCR method with fluorimetric end-point detection and the real-time PCR method for HLA typing
AuthorNives Kenjerić
MentorSaška Marczi (mentor)
Committee memberMarina Samardžija (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMartina Mihalj (član povjerenstva)
Committee memberSaška Marczi (član povjerenstva)
GranterJosip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek
Osijek
Defense date and country2024-07-02, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Basic Medical Sciences
Abstract
CILJEVI ISTRAŽIVANJA: Usporediti rezultate tipizacije 11 gena HLA na razini razlučivanja prvog polja za 10 uzoraka DNA primjenom klasične PCR metode s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i metode PCR u stvarnom vremenu, te utvrditi i usporediti zastupljenost višeznačnih rezultata između primijenjenih metoda tipizacije HLA. NACRT STUDIJE: Presječna studija. MATERIJAL I METODE: Materijal za komparativnu analizu dviju metoda HLA tipizacije činilo je 10 uzoraka DNA pribavljenih u sklopu Programa vanjske kontrole kvalitete Poljske akademije znanosti. HLA aleli određeni su dvjema komercijalnim metodama temeljenima na metodi PCR-SSP. FluoGene metoda, za umnožavanje specifičnog odsječka DNA koristi tehnologiju klasičnog PCR-a, produkti se određuju fluorometrijski, a analiza rezultata provodi se pomoću FluoGene računalnog programa. QTYPE metoda koristi se tehnologijom PCR-a u stvarnom vremenu, a za analizu rezultata koristi SCORE6 računalni program. REZULTATI: Rezultati HLA tipizacije za obje metode poklapaju se na razini razlučivanja prvog polja za svih 11 tipiziranih lokusa. U testiranim uzorcima primijećena je veća zastupljenost višeznačnih rezultata HLA tipizacije primjenom setova FluoGene u odnosu na QTYPE za sve tipizirane HLA lokuse. ZAKLJUČAK: Rezultati HLA tipizacije primjenom komercijalnih setova temeljenih na klasičnoj PCR metodi s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta i komercijalnog seta koji se temelji na tehnologiji PCR u stvarnom vremenu poklapaju se na razini razlučivanja prvog polja za svih 11 tipiziranih lokusa. Objema metodama utvrđeni su višeznačni rezultati, uz statistički značajno veću prisutnost višeznačnih rezultata kod primjene komercijalnih setova temeljenih na klasičnoj PCR metodi s fluorometrijskom detekcijom krajnjeg produkta.
Abstract (english)
RESEARCH OBJECTIVES: Compare the typing results of 11 HLA genes at the resolution level of the 1st field for 10 DNA samples using the classic PCR method with fluorometric detection of the amplified DNA product and the real time PCR method. Determination and comparing the prevalence of ambiguous results between used HLA typing methods. STUDY DESIGN: Cross-sectional study. MATERIAL AND METHODS: The material for the comparative analysis of the two HLA typing methods was 10 DNA samples obtained as part of the External Quality Control Program of the Polish Academy of Sciences. HLA alleles were determined by two commercial methods based on the PCR-SSP method. The FluoGene method uses classic PCR technology to amplify a specific segment of DNA, the products are determined by end-point fluorescence method, and the results are analyzed using the FluoGene software. The QTYPE method uses real-time PCR technology, and the results are analyzed using SCORE6 software. RESULTS: Typing results of both methods match at the resolution level of the 1st field, for all 11 typed loci. A higher prevalence of ambiguous HLA typing results using FluoGene sets compared to QTYPE was observed for all typed HLA loci, for all 10 samples. CONCLUSION: The results of HLA typing using commercial kits based on the classic PCR method with end-point fluorescence detection and a commercial kit based on real-time PCR technology match at 1st field resolution for all 11 typed loci. Ambiguous results were determined by both methods, with a statistically significantly higher presence of ambiguous results when using commercial kits based on the classic PCR method with fluorometric detection of the end product.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:152:768939
Study programmeTitle: University graduate study
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike (magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2024-10-11 12:05:12