prikaz prve stranice dokumenta Usporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1
  Download
PDF 1.18 MB
undergraduate thesis
Usporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1
Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine, 2017. urn:nbn:hr:152:584406
Jirouš, Maja
Josip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek

Institutional repository: Repository of the Faculty of Medicine Osijek

Cite this document

Jirouš, M. (2017). Usporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1 (Undergraduate thesis). Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:584406

Jirouš, Maja. "Usporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1." Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:584406

Jirouš, Maja. "Usporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1." Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:584406

Jirouš, M. (2017). 'Usporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1', Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, accessed 26 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:584406

Jirouš M. Usporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1 [Undergraduate thesis]. Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek; 2017 [cited 2024 November 26] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:584406

M. Jirouš, "Usporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1", Undergraduate thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, Osijek, 2017. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:584406

Metadata
TitleUsporedba metoda analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1
Title (english)Comparison of high resolution melting (HRM) and FRET HybProbes melting curve analysis for TA-insertion in UGT1A1 gene promoter
AuthorMaja Jirouš
MentorSaška Marczi (mentor)
Committee memberKatarina Mišković Špoljarić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberLjubica Glavaš-Obrovac (član povjerenstva)
Committee memberSaška Marczi (član povjerenstva)
GranterJosip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek
Osijek
Defense date and country2017-09-19, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Basic Medical Sciences
Abstract
Cilj istraživanja: Testirati i usporediti specifičnost, pouzdanost, efikasnost, robusnost, utrošak vremena te financijske troškove za metode analize krivulje taljenja visoke rezolucije (HRM) i krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba za detekciju insercije TA u promotoru gena UGT1A1. Ispitanici i metode: U istraživanju je korišteno 9 DNA uzoraka poznatog genotipa - po tri uzorka od svakog genotipa (TA6/6, TA6/7 i TA7/7) te po jedan referentan uzorak za svaki genotip. Genotipizacija uzoraka učinjena je HRM i FRET metodama. Rezultati: Titracijama koncentracije MgCl2 testirana je robusnost HRM i FRET metoda te je utvrđeno da FRET metoda tolerira veći raspon koncentracija što se tiče amplifikacije, no jedino je koncentracija od 3,0 mM bila optimalna za analizu rezultata genotipizacije kod obje metode. Usporedbom Cp vrijednosti za HRM metodu te usporedbom vrijednosti Tm za FRET metodu utvrđen je mali ukupni raspon te ustanovljeno da su metode pouzdane i reproducibilne. Usporedbom vremena koje je potrebno za izvedbu metoda utvrđeno je da HRM metoda traje malo duže zbog analize rezultata, dok je usporedbom financijskih troškova utvrđeno da je FRET metoda 2,5 puta skuplja. Zaključak: Testiranjem i usporedbom karakteristika HRM i FRET metoda dokazano je da su obje metode specifične, pouzdane i efikasne za genotipizaciju UGT1A1 (TA)n polimorfizma. Također je utvrđeno da je metoda analize krivulje taljenja pomoću FRET hibridizacijskih proba 2,5 puta skuplja u odnosu na HRM analizu, dok je za analizu rezultata kod HRM metode potrebno utrošiti malo više vremena. Nadalje, utvđeno je da je HRM metoda prikladnija za detekciju heterozigotnog TA 6/7 genotipa.
Abstract (english)
Objectives: The aim of this study was to test and compare specificity, reliability, efficiency, robustness, time consumption and financial costs of high resolution melting method (HRM) and FRET HybProbes melting curve analysis for TA-insertion in UGT1A1 gene promoter. Patients and methods: In this study 9 DNA samples of known genotypes were used - three samples of each genotype (TA6/6, TA6/7 and TA7/7) and one reference sample for each genotype. Samples genotyping was performed using HRM and FRET methods. Results: The robustness of HRM and FRET methods was tested by titration of MgCl2 concentration and it was found that the FRET method tolerates a larger concentration range as far as amplification is concerned, but the only optimal concentration for genotyping result analysis in both methods was 3.0 mM. By comparing the Cp values for the HRM method and by comparing the Tm value for the FRET method, a small overall range was found and it was confirmed that the methods were reliable and reproducible. By comparing the time required for implementation of both methods, it was found that the HRM method lasts a little longer due to analysis of the results, while by comparing the financial costs it is determined that the FRET method is 2.5 times more expensive. Conclusion: Testing and comparing the characteristics of HRM and FRET methods showed that both methods are specific, reliable and effective for genotyping UGT1A1 (TA)n polymorphisms. It was also found that the FRET HybProbes melting curve analysis method is 2.5 times more expensive than HRM analysis, while analyzing results of the HRM method takes a little more time. Furthermore, it was found that the HRM method is more suitable for detection of heterozygous TA 6/7 genotype.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:152:584406
Study programmeTitle: University undergraduate study
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2018-11-05 09:49:40