prikaz prve stranice dokumenta Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae
  Download
PDF 1.44 MB
undergraduate thesis
Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2020. urn:nbn:hr:159:987601
Gulan, Petra
University of Zagreb
Faculty of Food Technology and Biotechnology
Department of Chemistry and Biochemistry
Laboratory for Biochemistry

Institutional repository: Repository of the Faculty of Food Technology and Biotechnology

Cite this document

Gulan, P. (2020). Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae (Undergraduate thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:987601

Gulan, Petra. "Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:987601

Gulan, Petra. "Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:987601

Gulan, P. (2020). 'Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae', Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, accessed 03 October 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:987601

Gulan P. Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae [Undergraduate thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology; 2020 [cited 2024 October 03] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:987601

P. Gulan, "Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae", Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, Zagreb, 2020. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:987601

Metadata
TitlePredviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae
Title (english)Prediction of characteristic regions, posttranslational modification sites and three-dimensional structures of Saccharomyces cerevisiae yapsin proteases
AuthorPetra Gulan
MentorIgor Stuparević (mentor)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Food Technology and Biotechnology
(Department of Chemistry and Biochemistry)
(Laboratory for Biochemistry)
Zagreb
Defense date and country2020-09-01, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOTECHNICAL SCIENCES
Biotechnology
Abstract
Yapsini kvasca Saccharomyces cerevisiae čine posebnu skupinu aspartatnih proteaza koja je usidrena u staničnu membranu ili stijenku preko GPI sidra. Uloge yapsina zasad su slabo istražene, ali je poznato da su važni za održavanje integriteta stanične stijenke. U ovome su radu korištene računalne metode kojima su na temelju aminokiselinskih sekvenci yapsina predviđene njihove karakteristične regije, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalne strukture. Predviđeni su položaji karakterističnih regija, kao što je signalni peptid, mjesto procesiranja, aktivno mjesto, mjesto vezanja GPI sidra i mjesta N-glikozilacije. Aminokiselinske sekvence yapsina su sravnjene kako bi se dobio uvid u očuvane regije. Filogenetskom analizom utvrđeno je kako Yps1-3 formiraju zasebnu granu filogenetskog stabla u odnosu na Yps6-7. Homolognim modeliranjem predviđene su trodimenzionalne strukture yapsina, koje karakterizira tzv. bilobalna struktura u kojoj su katalitički aspartatni ostatci različitih polutka orijentirani jedan prema drugome. Analize provedene u sklopu ovog rada olakšati će buduća in vivo istraživanja yapsina kvasca.
Abstract (english)
Saccharomyces cerevisiae yapsins form a special group of aspartate proteases that are anchored to the cell membrane or cell wall through the GPI anchor. Roles of yapsins have been poorly explored, but they are known to be important for maintaining cell wall integrity. In this work, computational methods have been used to predict characteristic regions, sites of posttranslational modifications and three-dimensional structures of yapsins, based on their amino acid sequences. Positions of characteristic regions, such as signal peptide, processing sites, active site, GPI anchor binding site and N-glycosylation sites were predicted. The amino acid sequences of yapsins were aligned to get insight into conserved regions. Phylogenetic analysis determined that Yps1-3 form a separate branch of the phylogenetic tree in regard to Yps6-7. Homology modeling was used to predict three-dimensional structures of yapsins, which are characterized by the so-called bilobal structure in which each lobe contributes a catalytic aspartate residue. Analyses conducted in this work will facilitate future in vivo research of fungal yapsins.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:159:987601
Study programmeTitle: Biotechnology
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka biotehnologije (sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka biotehnologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence Attribution-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-ND 4.0) icon
Created on2020-10-16 11:54:42