prikaz prve stranice dokumenta Razvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi
  Download
PDF 2.1 MB
master's thesis
Razvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2024. urn:nbn:hr:159:789331
Bilić, Nika
University of Zagreb
Faculty of Food Technology and Biotechnology
Department of Chemistry and Biochemistry
Laboratory for Biochemistry

Institutional repository: Repository of the Faculty of Food Technology and Biotechnology

Cite this document

Bilić, N. (2024). Razvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:789331

Bilić, Nika. "Razvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:789331

Bilić, Nika. "Razvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:789331

Bilić, N. (2024). 'Razvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, accessed 22 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:789331

Bilić N. Razvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology; 2024 [cited 2024 November 22] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:789331

N. Bilić, "Razvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, Zagreb, 2024. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:789331

Metadata
TitleRazvoj multidimenzionalne kromatografije za razdvajanje peptida pomoću automatizirane mikroekstrakcije na čvrstoj fazi
Title (english)Development of multidimensional chromatography for separation of peptides using automated solid-phase microextraction
AuthorNika Bilić
MentorBojan Žunar (mentor)
MentorMario Cindrić (komentor)
MentorRenata Biba (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
Committee memberRenata Teparic (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMario Cindrić (član povjerenstva)
Committee memberIgor Slivac (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Food Technology and Biotechnology
(Department of Chemistry and Biochemistry)
(Laboratory for Biochemistry)
Zagreb
Defense date and country2024-07-18, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOTECHNICAL SCIENCES
Biotechnology
Abstract
Multidimenzionalna tekućinska kromatografija (LC) spregnuta sa spektrometrijom masa (MS) ima ključnu ulogu u proteomskom pristupu odozdo-nagore zbog povećanja osjetljivosti metode smanjenja kompleksnosti uzorka. Mikroekstrakcija čvrstom fazom (µSPE) je jednostavna i učinkovita metoda pripreme uzoraka za MS. Cilj ovog rada bio je ispitati ortogonalnost nekonsekutivnog sustava za multidimenzionalno frakcioniranje peptida BSA kako bi se utvrdilo koja kombinacija tehnika pokazuje najveću nezavisnost. Optimizirano je i ispitano frakcioniranje kombinacijom 6 metoda odjeljivanja na µSPE uređaju s pozitivnim pritiskom: i) izmjenjivač kombiniranog načina jake anionske izmjene i izmjene obrnutih faza, ii) jaki kationski i iii) jaki anionski izmjenjivač, iv) hidrofilno-lipofilni izmjenjivač i izmjenjivač obrnutih faza pri v) niskom pH i vi) visokom pH. Šest nastalih frakcija je analizirano LC-MS sustavom, a sirovi podaci su obrađeni alatom za pretragu baza podataka. Rezultati su pokazali da za frakcioniranje peptida BSA najveću ortogonalnost daje kombinacija hidrofilno-lipofilnog izmjenjivača ili jakih ionskih izmjenjivača u prvoj dimenziji te jakih ionskih izmjenjivača u drugoj dimenziji.
Abstract (english)
Multidimensional liquid chromatography (LC) coupled with mass spectrometry (MS) is pivotal in the bottom-up proteomic approach for its enhanced sensitivity through the reduction of peptide complexity. Solid-phase microextraction (µSPE) is a simple and efficient sample preparation method for MS. The aim of this study was to optimize and evaluate the orthogonality of offline multidimensional fractionation methods for BSA peptides to determine the combination of fractionation methods which provides the highest degree of independence, using a positive pressure µSPE platform. The fractionation capabilities of 6 separation methods were examined: i) mixed-mode strong anion-exchange and reversed phase, ii) strong cation-exchange, iii) hydrophilic-lipophilic balance, iv) strong anion-exchange, and v) low pH and vi) high pH reverse phase. Six obtained fractions of each fractionation were analyzed on an LC-MS system, with raw data processed using a protein database search engine. The results showed that for BSA peptides, the highest orthogonality was achieved with a combination of hydrophilic-lipophilic balance or strong ion-exchange chromatography (IEC) in the first dimension and strong IEC in the second dimension.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:159:789331
Study programmeTitle: Molecular Biotechnology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence Attribution-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-ND 4.0) icon
Created on2024-08-27 09:23:07