prikaz prve stranice dokumenta PRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA
  Download
PDF 1.97 MB
doctoral thesis
PRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA
Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Agrobiotechical Sciences Osijek, 2015. urn:nbn:hr:151:347866
Lukić, Boris
Josip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek
DEPARTMENT FOR SPECIAL ZOOTECHNIQUE

Institutional repository: Repository of the Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek

Cite this document

Lukić, B. (2015). PRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA (Doctoral thesis). Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:151:347866

Lukić, Boris. "PRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA." Doctoral thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:151:347866

Lukić, Boris. "PRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA." Doctoral thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:151:347866

Lukić, B. (2015). 'PRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA', Doctoral thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek, accessed 28 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:151:347866

Lukić B. PRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA [Doctoral thesis]. Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek; 2015 [cited 2024 November 28] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:151:347866

B. Lukić, "PRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA", Doctoral thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek, Osijek, 2015. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:151:347866

Metadata
TitlePRIMJENA GENOMSKIH INFORMACIJA U SELEKCIJI NERASTA NA KONCENTRACIJE SKATOLA I ANDROSTENONA
Title (english)IMPLEMENTATION OF GENOMIC INFORMATION IN SELECTION OF BOARS ON SKATOLE AND ANDROSTENONE CONCENTRATIONS
AuthorBoris Lukić
MentorGoran Kušec (mentor)
Committee memberSonja Jovanovac (predsjednik povjerenstva)
Committee memberJohn Woolliams (član povjerenstva)
strani drzavljanin: Nije dostupno
Committee memberIno Čurik (član povjerenstva)
Committee memberIvona Djurkin Kušec (član povjerenstva)
GranterJosip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Agrobiotechnical Sciences Osijek
(DEPARTMENT FOR SPECIAL ZOOTECHNIQUE)
Osijek
Defense date and country2015-05-08, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOTECHNICAL SCIENCES
Agronomy
Animal Husbandry
Universal decimal classification
(UDC)		636/637 - Animal husbandry and breeding. Produce of domestic animals and game
Abstract
Genomski markeri odnosno prediktori, pružaju nove mogućnosti u prevladavanju dosadašnjih ograničenja klasične selekcije protiv nerastovskog svojstva stoga je cilj ovog istraživanja istražiti mogućnosti njihove primjene. U istraživanje je uključen 941 nerast, od kojih je braće po ocu i majci, odnosno uparenih srodnika 421. Nadalje, svaki nerast s visokom razinom skatola ima brata s niskom razinom skatola u masnom tkivu (≥0.3 ug/g). Svim uzorcima su osim razine skatola utvrđene i razine androstenona. Životinje su genotipizirane koristeći Illumina SNP60K porcine beadchip. Analiza unakrsne provjere je izvršena s ciljem uspoređivanja točnosti procjene GBLUP metode i pet Bayes metoda na osnovi regresije u procjenjivanju nepromatranih fenotipskih svojstava. Raspon ostvarenih točnosti koristeći različite metode procjena je bio uzak za androstenon, između 0,29 (Bayes Lasso) i 0,31 (Bayes B), te širi za skatol, između 0,21 (GBLUP) i 0,26 (Bayes SSVS). Relativne točnosti korigirane s prosječnim h2, iznosile su 0,54 - 0,56 za androstenon i 0,75-0,94 za skatol. S obzirom na to da se učinci dominantnosti u ukupnoj genetskoj varijabilnosti uglavnom nisu promatrali u nacionalnim uzgojnim programima evaluacije, dodatni je pristup korišten za procjenu dominantne genetske varijance za androstenon i skatol. Za androstenon, GBLUP s uključenim dominantnim učincima u modelu procijenio značajne omjere dominantnih genetskih varijanci (13%) u ukupnoj varijabilnosti. U slučaju skatola, procijenjena dominantna genetska varijanca bila je viša pristupom regionalnog heritabiliteta, i to najviše na kromosomu 9, gdje je udio kromosomske regionalne dominantne varijance u ukupnoj dominantnoj varijanci iznosio 96%. Dobiveni rezultati pokazuju da je GBLUP najjednostavnija metoda genomske procjene za androstenon, ujedno je lako provediva te jedna od najtočnijih metoda. U slučaju skatola, potrebno je kreirati prilagođene modele koji mogu postići značajno bolje rezultate. Također, dominantni genetski učinci pružaju dodatne izvore genetske varijabilnosti za oba svojstva i istodobno nude novi i primjenjivi pristup u genomskim procjenama u okviru nacionalnih uzgojnih programa.
Abstract (english)
Genomic predictors offer an opportunity to overcome the limitations of classical selection against boar taint, and this study evaluated different approaches to obtain such predictors. Samples from 941 pigs were included in a design which was dominated by 421 sib pairs, each pair having an animal with a high and a low skatole concentration (≥0.3 μg/g). All samples were measured for skatole and androstenone and genotyped using the Illumina SNP 60K porcine Illumina beadchip. The accuracy of predicting phenotypes was assessed by cross-validation using six different genomic evaluation methods, GBLUP and five Bayesian methods. The range of accuracies obtained by different prediction methods was narrow for androstenone, between 0.29 (Bayes Lasso) and 0.31 (Bayes B), and wide for skatole, between 0.21 (GBLUP) and 0.26 (Bayes SSVS). Relative accuracies corrected for h2, were 0.54-0.56 and 0.75-0.94 for androstenone and skatole, respectively. The whole genome evaluation methods gave greater accuracy than using QTL alone (one SNP for androstenone and one SNP for skatole). Also, the dominance genetic variation was ignored in national evaluations, so we estimated the dominance genetic variance for androstenone and skatole using SNP information. For androstenone, GBLUP with dominance effects included captured substantial ratio of the dominance genetic variances (13%) in total variation. For skatole, more dominance genetic variance was captured by regional chromosomal heritability approach, particularly on chromosome 9, where the proportion of chromosomal dominance genetic variance in total dominance variance was 96%. The results demonstrate that GBLUP for androstenone is the simplest genomic technology to implement and one of the most accurate methods while more specialised models may be preferable for skatole. Dominance genetic effects included could provide additional source of genetic variation for both traits, therefore it is worthwhile considering in genomic evaluations
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:151:347866
Study programmeTitle: agricultural science
Study programme type: university
Study level: postgraduate
Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje biotehničkih znanosti, polje poljoprivreda (doktor/doktorica znanosti, područje biotehničkih znanosti, polje poljoprivreda)
Type of resourceText
Extent110 str.; tblice i graf. prikazi; 30 cm
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2019-05-14 10:00:41