prikaz prve stranice dokumenta Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula
  Download
PDF 21.24 MB
doctoral thesis
Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2022. urn:nbn:hr:217:217542
Sović, Karlo
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Chemistry

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Sović, K. (2022). Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula (Doctoral thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:217542

Sović, Karlo. "Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:217542

Sović, Karlo. "Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:217542

Sović, K. (2022). 'Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula', Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 22 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:217542

Sović K. Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula [Doctoral thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2022 [cited 2024 November 22] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:217542

K. Sović, "Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula", Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2022. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:217542

Metadata
TitleTeorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula
Title (english)Theoretical conformational analysis of cyclic and acyclic molecules
AuthorKarlo Sović
MentorTomica Hrenar (mentor)
Committee memberIvan Kodrin (predsjednik povjerenstva)
Committee memberGordan Horvat (član povjerenstva)
Committee memberIvan Ljubić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Chemistry)
Zagreb
Defense date and country2022-04-29, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Chemistry
Universal decimal classification
(UDC)		54 - Chemistry. Crystallography. Mineralogy
Abstract
Konformacijska analiza obuhvaća široko područje istraživanja molekularnih struktura, a uz izračun odgovarajućih termodinamičkih veličina može se dobiti opis stabilnosti sustava i objašnjenje njegovih kemijskih svojstava te reaktivnosti. U okviru ovog istraživanja određeni su potpuni konformacijski prostori odabranih skupova cikličkih i acikličkih molekula metodom sustavnog pretraživanja koristeći postojeći algoritam za rigidno pretraživanje (engl. rigid scan) i novorazvijeni algoritam za prilagodljivo relaksirano pretraživanje (engl. adaptive relaxed scan) te metodom pretrage reduciranog prostora trajektorija molekularnih dinamika određenog komponentama dekompozicije tenzora drugoga i trećeg reda. Trajektorije molekularne dinamike sadrže sve steričke informacije o kemijskim strukturama molekula u istraživanom sustavu no teškoću predstavlja ogroman broj struktura koje je potrebno uzorkovati za potpunu konformacijsku analizu. Algoritam za prilagodljivo relaksirano pretraživanje omogućuje dobivanje potpunih konformacijskih prostora molekula u manje koraka čime su omogućene pretrage na znatno višim razinama teorije
Abstract (english)
Conformational analysis covers a wide area of research of molecular structures, and by calculating thermodynamic parameters, a description of the stability of the system and an explanation of its chemical properties can be obtained. Within this research, complete conformational spaces for selected sets of cyclic and acyclic molecules were examined through a systematic search method using rigid scan and newly developed adaptive relaxed scan algorithm as well as dimensionality reduction method of molecular dynamics trajectories by the 2nd- and 3rd-order tensor decomposition. Molecular dynamics trajectories contain all steric information about the chemical structures of molecules in the system, but the difficulty is the large number of structures that need to be sampled for a complete conformational analysis. The adaptive relaxed scan algorithm makes it possible to obtain complete conformational spaces in fewer steps, thus enabling searches at higher levels of theory.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:217542
Promotion2022
ProjectNumber: IP-2016-06-3775
Title: Aktivnošću i in silico usmjeren dizajn malih bioaktivnih molekula
Title: Activity and in silico guided design of bioactive small molecules
Acronym: ADESIRE
Leader: Tomica Hrenar
Jurisdiction: Croatia
Funder: HRZZ
Funding stream: IP
Study programmeTitle: Doctoral study in chemistry
Study programme type: university
Study level: postgraduate
Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija (doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija)
Type of resourceText
Extent287 str. ; 30 cm
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Embargo expiration date: 2023-04-29
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2022-05-04 12:31:00