U ovom radu predstavljen je rad na razvoju kapilarne mikroprobe za MeV TOF-SIMS s primjenom na analizu bioloških uzoraka. Za razliku od magnetskog fokusiranja, pomoću staklene kapilare moguće je kolimirati teške ionske snopove viših energija koji proizvede veći prinos sekundarnih iona težih molekula. Razvijena su dva načina okidanja startnog signala za mjerenje vremena proleta sekundarih iona, detekcijom primarnih iona pomoću čestičnog detektora za tanke uzorke i detekcijom sekundarnih elektrona pomoću elektronskog multiplikatora za uzorke proizvoljne debljine. Ostvarena je optimalna masena razlučivost od 2500 za masu 575 Da u prvom, i 1400 u drugom, preferiranom načinu rada, zbog većeg broja uzoraka koji je moguće analizirati, jednostavnije pripreme istih i smanjene pozadine u masenom spektru. Prinos sekundarnih iona mjeren na uzorku plavog ftalocijanina pokazuje pozitivnu korelaciju s energijom, elektronskom zaustavnom moći, brzinom i nabojem primarnih iona u mjerenom energijskom području (50 – 300 keV/u). Nakon odabira optimalnog primarnog snopa i mjerenja prostorne razlučivosti (5×12 μm^2) analizirani su odabrani uzorci u oba načina rada. Halo primarnog snopa, vidljiv i u izmjerenim energijskim spektrima nakon prolaska kroz konusnu kapilaru, smanjuje kontrast u molekularnim mapama i uvelike ograničava primjene ovakvog postava. Alternativno rješenje, kolimiranje kružnom aperturom, pokazuje se boljim za dobivanje jasnijih i pouzdanijih molekularnih mapa različitih uzoraka u vakuumu (otisak prsta, presjek tinti na papiru, presjek moždanog tkiva).