prikaz prve stranice dokumenta Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije
  Download
PDF 2.73 MB
master's thesis
Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2024. urn:nbn:hr:217:473613
Prišćan, Dominik
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Chemistry

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Prišćan, D. (2024). Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Prišćan, Dominik. "Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Prišćan, Dominik. "Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Prišćan, D. (2024). 'Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 26 May 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Prišćan D. Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2024 [cited 2024 May 26] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

D. Prišćan, "Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2024. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Metadata
TitleFrakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije
Title (english)Peptide fractionation by strong cation exchange chromatography for enhanced protein identification by high resolution mass spectrometry
AuthorDominik Prišćan
MentorMarko Močibob (mentor)
Committee memberMarko Močibob (predsjednik povjerenstva)
Committee memberNives Galić (član povjerenstva)
Committee memberĐani Škalamera (član povjerenstva)
Committee memberMorana Dulić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Chemistry)
Zagreb
Defense date and country2024-02-20, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Chemistry
Abstract
Danas je u proteomici za identifikaciju i kvantifikaciju proteina najviše zastupljena metoda temeljena na vezanom sustavu tekućinske kromatografije i tandemne spektrometrije masa, odnosno shotgun‒proteomika. Radi poboljšane identifikacije proteina, postupak može uključivati korak predfrakcionacije peptida. U sklopu ovog rada, napravljena je optimizacija koraka predfrakcionacije peptida, pri čemu je optimiziran gradijent elucije, sastav mobilne faze i broj prikupljenih frakcija. Također, optimizirano je trajanje kromatografskog odjeljivanja pomoću vezanog sustava tekućinske kromatografije i tandemne spektrometrije masa. Optimizirana metoda primijenjena je za predfrakcionaciju realnih uzoraka, pri čemu je metoda korištena za provjeru ekspresije dupliciranih gena za aminoacil‒tRNA‒sintetaze pronađenih u genomu H. aurantiacus i H. geysericola. Nadalje, metoda je korištena za provjeru ekspresije gena za proteine‒nosače i homologe aminoacil‒tRNA‒sintetaza pronađenih u genomu bakterija A. fabrum, B. diazoefficiens, B. thuringiensis 4AJ1 i 4CC1 te za analizu ekspresije gena koji pokazuju sinteniju s genima proteina‒nosača i homologa aminoacil‒tRNA‒sintetaza.
Abstract (english)
The modern proteomic analyses rely on the coupled system of liquid chromatography and tandem mass spectrometry for comprehensive peptide separation and identification. To further increase the number of identified peptides, improve the identification of proteins and their sequence coverage, the analysis workflow may include a step of pre‒fractionation of peptides. In this thesis, an optimisation of the peptide pre‒fractionation step was conducted, which included the optimisation of the elution gradient, the composition of the mobile phases and the number of fractions collected. In addition, the duration of the chromatographic step in the coupled liquid chromatography‒tandem mass spectrometry system was optimised. The optimised method was applied for the pre‒fractionation of authentic samples, wherein the method was utilized to verify the expression of duplicated genes for aminoacyl‒tRNA synthetases in the genomes of H. auratiacus and H. geysericola. Furthermore, the method was employed to determine the expression of genes for carrier proteins and homologues of aminoacyl‒tRNA synthetases in the genomes of the bacteria A. fabrum, B. diazoefficiens, B. thuringiensis 4AJ1 and 4CC1 as well as to analyse the expression of genes that show synteny with genes for carrier proteins and homologues of aminoacyl‒tRNA‒synthetases.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:473613
Study programmeTitle: Graduate university studies in chemistry; specializations in: Graduate university studies in chemistry
Course: Graduate university studies in chemistry
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: sveučilišni/a magistar/magistra kemije (sveučilišni/a magistar/magistra kemije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2024-03-08 12:26:42