prikaz prve stranice dokumenta Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama
  Download
PDF 1.04 MB
master's thesis
Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2016. urn:nbn:hr:217:197808
Šribar, Dora
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Šribar, D. (2016). Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Šribar, Dora. "Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2016. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Šribar, Dora. "Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2016. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Šribar, D. (2016). 'Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 24 May 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Šribar D. Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2016 [cited 2024 May 24] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

D. Šribar, "Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2016. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Metadata
TitleSklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama
Title (english)Genome assembly of endemic cave sponge (Eunapius subterraneus) using data obtained by nanopore sequencing technology
AuthorDora Šribar
MentorKristian Vlahoviček (mentor)
Committee memberKristian Vlahoviček (predsjednik povjerenstva)
Committee memberSven Jelaska (član povjerenstva)
Committee memberDamjan Franjević (član povjerenstva)
Committee memberDunja Leljak-Levanić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2016-02-22, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
Koljeno Porifera iz carstva životinja (Metazoa) obuhvaća preko 8000 znanstveno opisanih vrsta spužvi. Zbog svoje jednostavne građe spužve imaju važnu ulogu u razumijevanju rane evolucije i odnosa između ostalih koljena iz carstva Metazoa. Spužve su i dobri modelni organizmi za razumijevanje bioloških procesa u višim životinjama. Uz morfološke podatke, sve važniju ulogu imaju i genomski podaci. Za složeniju funkcionalnu genomiku Porifera potrebni su nam genomi više predstavnika koljena, međutim, sekvenciranje i sklapanje čitavog genoma spužvi i dalje predstavlja izazov. Ogulinska špiljska spužvica Eunapius subterraneus zbog svojih osobitosti predstavlja zanimljiv modelni organizam. Pomoću dostupnih genomskih knjižnica sklopila sam, a potom i procijenila kvalitetu sklopljenog genoma ogulinske špiljske spužvice. Pritom sam koristila algoritme temeljene na de Bruijnovim grafovima i metodi preklapanje-raspored-konsenzus te primijenila hibridni pristup pri sklapanju genoma pomoću dugačkih sljedova dobivenih sekvenciranjem na uređaju The Oxford Nanopore Technologies MinION. Korištenjem hibridnog pristupa pomoću sljedova dobivenih na uređaju Oxford Nanopore Technologies MinION nije primijećeno poboljšanje u sklopljenom genomu. Moguće poteškoće u sastavljanju genoma predstavljaju onečišćenja, repetitivne sekvence i visoka heterozigotnost. Potrebna su daljnja istraživanja na području genomike Porifera.
Abstract (english)
Porifera, a phylum within the Kingdom Animalia (Metazoa), consists of more than 8000 species of sponges. Owing to their simple morphology, sponges have an important role in understanding the early evolution and relationship between different phyla within the kingdom Animalia. Furthermore, sponges represent good models for biological processes in higher animals. Morphological features are becoming insufficient and we need more genomic data from different species within Porifera. However, the entire process of genome sequencing and assembly of Porifera still remains the challenge. Endemic cave sponge Eunapius subterraneus is an interesting model organism due to its unusual characteristics. Using various genomic libraries I conducted genome assembly and subsequent evaluation of the assembled genome of Eunapius subterraneus. I used various approaches based on both de Bruijn graphs and the Overlap-Layout-Consensus and conducted hybrid assembly using long reads obtained from the Oxford Nanopore Technologies MinION device. The hybrid assembly did not yield any improvement. Low assembly quality could be consequence of potential contamination, repetitive sequences and high heterozigosity rate. Further research of Porifera genomic is needed.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:197808
Study programmeTitle: Molecular Biology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra molekularne biologije (magistar/magistra molekularne biologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2017-05-12 11:28:36