Iako zauzima oko 9% mikrobioma žena, mikrobiom rodnice važan je za zdravlje ženskog reproduktivnog sustava. Zdrav mikrobiom rodnice karakterizira visoka zastupljenost bakterijskog roda Lactobacillus koji, osim snižavanjem pH, rodnicu često štiti proizvodnjom vodikova peroksida (H2O2). Mikrobiom se može proučavati metodama uzgoja bakterija, ali je na taj način nemoguće zabilježiti cjelokupnu mikrobnu bioraznolikost, niti je jednostavno proučavati ulogu, funkciju i interakciju mikrobioma s ogranizmom domaćinom. Umjesto toga, zahvaljujući napretku visokoprotočnog sekvenciranja, koristi se metagenomika. Njome se mikrobiom može proučavati izravno, bez uzgoja pojedinih vrsta ili sojeva, čime se, uz pripadajuću bioinformatičku analizu, mikrobiom može bolje taksonomski opisati, a omogućava se i njegovo funkcijsko opisivanje, primjerice analizom učestalosti upotrebe kodona. Pomoću dobivenih izvornih očitanja visokoprotočnog sekvenciranja metagenoma 10 uzoraka prikupljenih tijekom dobrovoljnog davanja brisa rodnice u svrhu testiranja na HPV, odredio sam taksonomski sastav mikrobioma unutar kraljevstva bakterija na svim taksonomskim razinama. Na temelju tih rezultata uzorke sam grupirao, te sam odredio gene i metaboličke puteve kojima su pojedine skupine uzoraka obogaćene. U konačnici sam ustanovio da postoje statistički značajne razlike između pojedinih skupina uzoraka u skladu s dosadašnjom literaturom, ali nisam mogao odrediti koje taksonomske skupine ili koja funkcija mikrobioma je povezana s povećanom zarazom HPV-a.