prikaz prve stranice dokumenta Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)
No public access
doctoral thesis
Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. urn:nbn:hr:217:414616
Vojvoda Zeljko, Tanja
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Vojvoda Zeljko, T. (2015). Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793) (Doctoral thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:414616

Vojvoda Zeljko, Tanja. "Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:414616

Vojvoda Zeljko, Tanja. "Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:414616

Vojvoda Zeljko, T. (2015). 'Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)', Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 04 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:414616

Vojvoda Zeljko T. Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793) [Doctoral thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2015 [cited 2024 November 04] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:414616

T. Vojvoda Zeljko, "Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)", Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2015. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:414616

Metadata
TitleKarakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)
Title (english)Characterisation of transposable elements containing internal tandem repeats in the pacific oyster Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)
AuthorTanja Vojvoda Zeljko
MentorMiroslav Plohl (mentor)
Committee memberBranka Bruvo Mađarić (član povjerenstva)
Committee memberDamjan Franjević (član povjerenstva)
Committee memberJasna Lajtner (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2015, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Universal decimal classification
(UDC)		575 - General genetics. General cytogenetics
Abstract
Uzastopno i raspršeno ponovljene sekvence sačinjavaju velik dio eukariotskih genoma, pa tako i genoma školjkaša (razred Bivalvia). Nedavno sekvencirani genom pacifičke kamenice Crassostrea gigas pokazuje visok udio ponovljenih sekvenci od 36 %. Bioinformatičkom pretragom genoma u ovom je radu izdvojeno 10 najzastupljenijih tipova uzastopno ponovljenih sekvenci. S obzirom na duljinu monomera tipičnu za satelitne DNA te mogućnost stvaranja dugačkih nizova, navedena ponavljanja su potencijalno nove satelitne DNA. Međutim, njihova je specifičnost da se gotovo bez iznimke nalaze uklopljeni u transpozone. Detaljna analiza okolnih regija koje omeđuju odabrane nizove uzastopnih ponavljanja pokazala je da sadrže strukturne osobine karakteristične za neautonomne pokretne genetičke elemente Helitron. Postojanje navedenih elemenata istraženo je eksperimentalno i u srodnoj vrsti Ostrea edulis. Utvrđena je uska veza između transpozona nadporodice Helitron i uzastopno ponovljenih sekvenci DNA te su raspravljena dva modela kojim transpozoni šire satelitne nizove. Dobiveni rezultati pokazuju kako pokretni genetički elementi i uzastopno ponovljene sekvence zajedno doprinose složenoj i dinamičnoj organizaciji eukariotskih genoma.
Abstract (english)
Tandem and interspersed repetitive DNA sequences make up a large part of eukaryotic genomes, being present also in bivalve molluscs (class Bivalvia). Recently sequenced genome of Crassostrea gigas shows high abundance of repetitive sequences (36 %). In this work, using bioinformatic approach, 10 most abundant types of tandemly repeated sequences were found. Taking into account monomer lengths typical for satellite DNA and the ability of forming long arrays, these tandem repetas are potentially new satellite DNAs. On the other hand, they are quite special in being inserted into transposons. In fact, a detailed analysis of their flanking regions showed that they bear structural characteristics typical for non – autonomous mobile genetic elements of the Helitron superfamily. The presence of such elements was investigated in the related species Ostrea edulis. A close connection between Helitrons and tandem repeats has been identified and two models for satellite spreading from transposable elements are discussed. The results presented here show that mobile genetic elements and tandem repeats together contribute to a complex and dynamic organization of eukaryotic genomes.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:414616
Study programmeTitle: Biology
Study programme type: university
Study level: postgraduate
Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje biologija (doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje biologija)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2017-05-17 11:37:44