prikaz prve stranice dokumenta Računalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu
  Download
PDF 18.79 MB
doctoral thesis
Računalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2017. urn:nbn:hr:217:268357
Maršavelski, Aleksandra
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Chemistry

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Maršavelski, A. (2017). Računalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu (Doctoral thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:268357

Maršavelski, Aleksandra. "Računalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:268357

Maršavelski, Aleksandra. "Računalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:268357

Maršavelski, A. (2017). 'Računalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu', Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 22 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:268357

Maršavelski A. Računalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu [Doctoral thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2017 [cited 2024 November 22] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:268357

A. Maršavelski, "Računalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu", Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2017. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:268357

Metadata
TitleRačunalno ispitivanje katalitičke aktivnosti i selektivnosti aminskih oksidaza prema histaminu i N-metilhistaminu
Title (english)Computational investigation of the catalytic activity and selectivity of amine oxidases towards histamine and N-methylhistamine
AuthorAleksandra Maršavelski
MentorRobert Vianello (mentor)
MBZ: 237604
Committee memberTomica Hrenar (predsjednik povjerenstva)
Committee memberJanez Mavri (član povjerenstva)
MBZ: XXXXXXXX
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Chemistry)
Zagreb
Defense date and country2017-07-05, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Chemistry
Universal decimal classification
(UDC)		54 - Chemistry. Crystallography. Mineralogy
Abstract
U disertaciji je proučen katalitički mehanizam te supstratna specifičnost enzima MAO B i DAO koji su uključeni u katabolizam histamina. Naime, pokazano je kako je izmijenjena aktivnost i ekspresija enzima MAO B povezana s neurodegenerativnim bolestima poput Parkinsonove bolesti te neurološkim poremećajima, poput psihoze, depresije i impulzivnosti. S druge strane, izmijenjena aktivnost enzima DAO razlog je intolerancije na histamin, stanja koje je popraćeno neugodnim simptomima i probavnim problemima. Stoga, svrha ove disertacije je pouzdano definiranje katalitičkog mehanizma oba enzima te utvrđivanje determinanti specifičnosti primjenom najsuvremenijih metoda u računalnoj biokemiji. Rezultati disertacije mogli bi poslužiti kao temelj u racionalnom dizajnu lijekova za liječenje navedenih patoloških stanja. U radu su primijenjene računalne metode koje se koriste za proučavanje strukture, dinamike, selektivnosti i reaktivnosti enzima kao što su molekulsko-dinamičke simulacije, izračun Gibbsove energije vezanja, kvantno-mehanički računi u okviru klaster pristupa te metoda EVB. Molekulsko-dinamičke simulacije spomenutih enzima te izračun Gibbsove energije vezanja rezultirali su objašnjenjem supstratne specifičnosti enzima MAO B, dok su kvantno-mehanički računi u okviru klaster pristupa te metoda EVB dali kvantitativni uvid u katalitički mehanizam oba proučavana enzima.
Abstract (english)
The scope of this dissertation is the elucidation of the catalytic mechanism and substrate specificity of MAO B and DAO enzymes involved in the catabolism of histamine. Altered expression and activity of MAO B is associated with neurodegenerative diseases such as Parkinson's disease, and neurological disorders such as psychosis, depression and impulsivity. On the other hand, the altered enzyme activity of DAO is the root cause for the histamine intolerance, a condition which is characterized by unpleasant symptoms and gastrointestinal problems. Therefore, the purpose of this dissertation is to establish the catalytic mechanism of both enzymes together with the determinants of their specificity using the most advanced methods in computational biochemistry such as molecular dynamics simulations, binding free energy and quantum mechanical calculations within the cluster approach and the empirical valence bond (EVB) simulations. Molecular dynamics simulations and the binding free energy calculations explain the substrate specificity of MAO B enzyme, while the quantum mechanical calculations together with the EVB simulations provide a quantitative insight into the catalytic mechanism of both enzymes.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:268357
Study programmeTitle: Doctoral study in chemistry
Study programme type: university
Study level: postgraduate
Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija (doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija)
Type of resourceText
Extent130 str. ; 30 cm
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Embargo expiration date: 2019-07-06
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2017-07-27 10:33:44