Ekoton je prijelazno područje između susjednih ekoloških sustava koji imaju skup karakterističnih svojstava definiranih međusobnim interakcijama dvaju ekoloških sustava, s izraženim gradijentom jednog ili dva okolišna čimbenika. Ekoton staništa su područja s iznimnom bioraznolikošću, a nalazimo ih u vodenim i kopnenim ekosustavima. U ovom radu analizirani su ekotoni koje nalazimo u slatkovodnim ekosustavima, a to su izvori, sastojine makrofita i estuariji. Izvore obilježavaju stabilni ekološki uvjeti kao što su niske temperature vode i velika zasićenost kisikom, a nastanjuju ih krenobionti, organizmi koji su prilagođeni na specifične ekološke uvjete izvorišnih staništa. Zajednice makrofita imaju značajnu ulogu u održavanju ravnoteže vodenog ekosustava: ugrađuju hranjive tvari u svoju biomasu i smanjuju abundaciju fitoplanktona čime smanjuju eutrofikaciju, povećavaju prozirnost, obogaćuju vodu kisikom te pružaju izvore hrane i zaštitu zooplanktonu od predatora čime znatno povećavaju bioraznolikost staništa u odnosu na staništa bez makrofita. Rub makrofitskih sastojina i pelagijala je poznato ekoton područje sa specifičnim vrstama (npr. Daphnia sp.). Estuarije obilježavaju promjenjivi ekološki uvjeti, s dominantnim gradijentom saliniteta te pripadajućih i karakterističnih biocenoza. Svrstavaju se u najproduktivnije ekosustave zbog velike količine hranjivih tvari koje rijeke donose u obliku detritusa i plime koja sudjeluje u zadržavanju i boljoj iskoristivosti nutrijenata unutar estuarija.