Biljke proizvode svoju vlastitu energiju i organske spojeve procesom fotosinteze pretvarajući svjetlosnu energiju u kemijsku. Iako fotosinteza zahtijeva sunčevu svjetlost, ona u prirodnim uvjetima može imati negativan učinak na fotosintetske reakcije zbog stalne promjene intenziteta svjetlosti. Zbog toga su biljke razvile različite mehanizme odgovora na promijenjene svjetlosne uvjete u okolišu, od gibanja listova i kloroplasta do prilagodba na molekularnoj razini u kojima sudjeluju proteini fotosintetskog aparata. Ovisno o količini i kvaliteti svjetlosne energije, dolazi do razvoja kloroplasta specifičnih za visoki intenzitet svjetlosti ili kloroplasta specifičnih za niski intenzitet svjetlosti. S druge strane, ako je reduciran veliki udio molekula plastokinona, nije moguć prijenos elektrona između fotosistema II i I pa elektroni mogu „pobjeći“ i reagirati s kisikom pri čemu nastaje singletni kisik koji uzrokuje oksidacijski stres i oštećuje fotosintetski aparat. Zbog toga se u biljaka povećava količina karotenoida koji djeluju kao antioksidansi i mogu zaštititi klorofil od fotooksidacije do koje dolazi zbog povećane količine reaktivnih oblika kisika. Osim toga dolazi i do indukcije ksantofilatskog ciklusa te sinteze fenolnih spojeva, tanina, flavonoida i antocijana. Reaktivni oblici kisika imaju i ulogu signalnih molekula kada je biljka izložena svjetlosnom stresu. Polipeptid D1 u PSII je glavna meta oštećenja induciranih svjetlošću. D1 polipeptid se brzo degradira i zamjenjuje novosintetiziranom kopijom kako bi se omogućilo normalno funkcioniranje PSII. Možemo zaključiti da biljka kako bi se uspješno prilagodila uvjetima u okolišu mora uspješno odgovoriti na veliki broj različitih signala iz okoliša. U taj je proces uključeno nekoliko različitih mehanizama kao i koordinirana ekspresiju gena iz jezgrinog i plastidnog genoma.