prikaz prve stranice dokumenta Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III
  Download
PDF 43.25 MB
doctoral thesis
Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. urn:nbn:hr:217:602523
Tomić, Antonija
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Chemistry

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Tomić, A. (2015). Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III (Doctoral thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:602523

Tomić, Antonija. "Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:602523

Tomić, Antonija. "Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III." Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:602523

Tomić, A. (2015). 'Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III', Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 29 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:602523

Tomić A. Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III [Doctoral thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2015 [cited 2024 November 29] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:602523

A. Tomić, "Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III", Doctoral thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2015. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:602523

Metadata
TitlePrimjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III
Title (english)Multi scale computational approaches to understand a structure, dynamics and activity of thehuman dipeptidyl-peptidase III
AuthorAntonija Tomić
MentorSanja Tomić (mentor)
MBZ: 113604
Committee memberZlatko Mihalić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberSanja Tomić (član povjerenstva)
MBZ: 113604
Committee memberMarija Abramić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Chemistry)
Zagreb
Defense date and country2015-04-24, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Chemistry
Universal decimal classification
(UDC)		54 - Chemistry. Crystallography. Mineralogy
Abstract
Sažetak Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna egzopeptidaza koja katalizira reakciju hidrolize peptidne veze odcjepljujući dipeptid s N-kraja svojih supstrata. U okviru ove doktorske disertacije detaljno je istražena struktura i dinamika ljudske DPP III i njenih kompleksa primjenom računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti. Modeliranje je bilo temeljeno na trodimenzionalnim strukturama enzima određenim rentgenskom strukturnom analizom. Molekulsko-dinamičke (MD) simulacije slobodnog (bez vezanog liganda) enzima otkrile su veliku fleksibilnost proteina, a simulacije kompleksa DPP III sa sintetskim i peptidnim supstratima pridonijele su razumijevanju široke supstratne specifičnosti ovoga enzima, te u kombinaciji s računom slobodne energije omogućile određivanje najvjerojatnijeg i kemijski aktivnog načina vezanja supstrata. Aktivna konformacija enzima dodatno je potvrđena primjenom različitih MD metoda i hibridnim kvantno-mehaničkim molekulskomehaničkim (QM/MM) računima različitih načina koordinacije cinka. Mehanizam reakcije hidrolize određen je na modelnom sustavu sastavljenom od supstrata, aminokiselinskih ostataka koji neposredno sudjeluju u procesu katalize i ostataka koji koordiniraju ion cinka.
Abstract (english)
The dipeptidyl-peptidase III (DPP III) is a zinc-exopeptidase that hydrolyzes dipeptide from the N-terminus of its substrates. In this thesis a structure and dynamics of ligand-free enzyme and its complexes is investigated in detail by multi scale computational approaches. Modeling study was based on the three-dimensional enzymes structures obtained by X-ray diffraction analysis. Molecular dynamics (MD) simulations of the ligand-free enzyme revealed large flexibility of the protein, while the simulations of DPP III in the complexes with synthetic and peptide substrates enabled understanding of its broad substrate specificity, and, in combination with the free energy calculations, helped in determination of the most probable and chemically active ligand binding mode. The active enzyme conformation was confirmed by different MD approaches as well as by the hybrid quantum mechanicsmolecular mechanics (QM/MM) calculation of the different zinc ion coordinations. The reaction mechanism was determined using the model system consisting of substrate, amino acids participating in catalysis and the residues that coordinate the zinc ion.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:602523
Study programmeTitle: Doctoral study in chemistry
Study programme type: university
Study level: postgraduate
Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija (doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija)
Type of resourceText
Extent233 str. ; 30 cm
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2017-02-13 10:55:48