Akvakultura je drevni oblik uzgoja koji se pojavio prije više od 2000 godina u Kini i Rimskom Carstvu. Zbog stalnog iscrpljivanja ribljih zaliha, došlo je do porasta potražnje za hranom koja potječe iz uzgoja akvatičnih vrsta i učinkovitijih proizvodnih sustava. Budući da prostor za akvakulturu postaje sve više limitiran, potreba za učinkovitijom i/ili povećanom proizvodnjom na količinski istom prostoru će još dodatno povećati važnost genetskog unapređivanja vodenih vrsta. Akvakultura može pomoći kako bi se zadovoljile rastuće potrebe za hranom, a biotehnologija može napraviti veliki doprinos u vidu poboljšanja prinosa u akvakulturi. Potencijalna područja biotehnologije u akvakulturi uključuju korištenje sintetičkih hormona za indukciju razmnožavanja, proizvodnju jednospolnih, uniparentalnih i poliploidnih populacija, proizvodnju transgeničnih riba, pohranu gena i upravljanje zdravstvenim statusom životinja. Od 1980-tih, riba u uzgoju se poboljšala za mnoštvo osobina kao što su stopa rasta, učinkovitost konverzije hrane u mišićnu masu, otpornost na bolesti, povećana je tolerancija vode niske kvalitete, tolerancija na hladnoću, poboljšan je oblik tijela, plodnost i reprodukcija. Međutim, postoji potreba za regulacijom biotehnoloških aktivnosti u pogledu mogućih negativnih utjecaja na okoliš i ljudsko zdravlje. Ako se pravilno provodi, biotehnologija u akvakulturi ima pozitivan učinak na okoliš proizvodnjom zdravih i brzorastućih vodenih vrsta. Biti će potrebno prevladati nekoliko ograničenja kako bi genetske tehnike u akvakulturi imale svoj maksimalan pozitivni učinak u budućnosti.