prikaz prve stranice dokumenta Retrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana)
  Download
PDF 2 MB
master's thesis
Retrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana)
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2010. urn:nbn:hr:217:269084
Popović, Branka
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Popović, B. (2010). Retrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana) (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:269084

Popović, Branka. "Retrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana)." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2010. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:269084

Popović, Branka. "Retrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana)." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2010. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:269084

Popović, B. (2010). 'Retrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana)', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 21 May 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:269084

Popović B. Retrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana) [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2010 [cited 2024 May 21] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:269084

B. Popović, "Retrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana)", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2010. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:269084

Metadata
TitleRetrotranspozon Tto1 kao alat za ciljanu inaktivaciju gena uročnjaka (Arabidopsis thaliana)
Title (english)Retrotransposon Tto1 as a tool for gene targeting in Arabidopsis thaliana
AuthorBranka Popović
MentorVišnja Besendorfer (mentor)
MentorNenad Malenica (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
Committee memberSandra Radić Brkanac (predsjednik povjerenstva)
Committee memberDamjan Franjević (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2010, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
Ciljana inaktivacija gena počela se primjenjivati na miševima 80-ih godina prošlog stoljeća. Uspješnost ove strategije temelji se na relativno visokoj učestalosti homologne rekombinacije u somatskim stanicama miša i učinkovitom sustavu pozitivno-negativne selekcije. S druge strane, u biljkama se ugradnja strane DNA odvija pretežno procesom ilegitimne rekombinacije. Ovim radom započeto je istraživanje mogućnosti ciljane inaktivacije gena biljke-modela Arabidopsis thaliana (uročnjak) upotrebom retrotranspozona duhana Tto1. Ideja se temelji na manipulaciji procesa reverzne transkripcije, ključnog koraka u životnom ciklusu retrotranspozona, u svrhu proizvodnje supstrata (cDNA) za homolognu rekombinaciju. Transfomacijom bakterijama vrste Agrobacterium tumefaciens stvoreno je nekoliko transgenih linija uročnjaka s različitim varijantama retrotranspozona Tto1. Pomoću tih linija željelo se istražiti da li se Tto1 prepisuje u novom domaćinu te da li može završiti životni ciklus s ugrađenim genom biljegom. U slučaju pozitivnog ishoda, pristupilo bi se zamjeni gena biljega za gen uročnjaka koji želimo ciljano inaktivirati. Pokazano je da su sve priređene varijante Tto1 transkripcijski aktivne u uročnjaku, te da se nestabilnost Tto1 binarnih vektora u agrobakterijama, opisana u literaturi, ne ispoljava u uvjetima kratkotrajnog kultiviranja. Također, preliminarni rezultati na temelju fenotipske ekspresije gena biljega pokazali su da Tto1 može završiti životni ciklus. Međutim, dosadašnjim istraživanjima nije se uspjelo dokazati nove kopije Tto1 u genomu uročnjaka.
Abstract (english)
Gene targeting was first applied on mice during the 80-ies of the last century. The success of this strategy is based on a relatively high frequency of homologous recombination in mouse somatic cells and an effective system of positive-negative selection. On the other hand, in plants the integration of exogenous DNA occurs predominantly by illegitimate recombination. In this work we studied the possibility of gene targeting in Arabidopsis thaliana using tobacco retrotransposon Tto1. The idea is based on the manipulation of the process of reverse transcription, a key step in the life cycle of retrotransposon, for production of substrate (cDNA) for homologous recombination. By applying Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation several transgenic lines of A. thaliana with different variants of retrotransposon Tto1 were created. Using these lines it was explored whether Tto1 was transcripted into the new host, and whether Tto1 can complete the life cycle with an integrated marker gene. In the case of positive outcome, we will approach to replacing gene marker for a gene that we want to specifically inactivate. It was shown that all variants of cloned Tto1 were transcriptionally active and previously described instability of Tto1 binary vectors in Agrobacterium tumefaciens didn't manifest itself in short-term cultivation. Preliminary results based on gene marker expression, have shown that a Tto1 can complete its life cycle. However, so far new copies were not detected in the genome of transformed A.thaliana plants.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:269084
Study programmeTitle: Biology; specializations in: Molecular biology
Course: Molecular biology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra biologije (magistar/magistra biologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2018-03-29 09:05:12