Za proteine nije karakteristično njihovo izolirano postojanje u stanici, već se oni nalaze u međusobnoj interakciji, ili u interakciji s drugim biomolekulama tvoreći komplekse. U ljudskom interaktomu postoji stotine tisuća protein:protein interakcija zaduženih za biokemijske procese u organizmu, a desetine tisuća njih tek treba biti otkriveno i istraženo. Prilikom potrebe i želje za razumijevanjem protein:protein interakcija došlo je do primjene cijelog spektra različitih metoda i tehnika u svrhu njihovog proučavanja. Razvio se cijeli niz novih tehnika te je došlo do usavršavanja postojećih kako bi se doprinijelo istraživanju i proučavanju protein:protein interakcija, a one se mogu podijeliti na biofizikalne, biokemijske i genetičke metode. Svaka od njih posjeduje određene prednosti, kao i nedostatke, što se može vidjeti u njihovoj osjetljivost i specifičnosti. Pojedina metoda zbog svojih ograničenja može dati lažno pozitivne ili lažno negativne rezultate mjerenja. Kako bi se uklonile sve nesigurnosti i mogućnosti pojave pogreške mjerenja, za validaciju protein:protein interakcija najčešće se koristi kombinacija metoda baziranih na različitim tehnikama kako bi se dobili što pouzdaniji rezultati. Otkrivanje novih saznanja iz ovog područja daje široki spektar mogućnosti u budućnosti, primjenom tih znanja u medicini i farmaciji, za otkrivanje novih, ili unaprijeđenje postojećih lijekova za liječenje bolesti.