prikaz prve stranice dokumenta Maksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva
  Download
PDF 484.12 KB
master's thesis
Maksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2018. urn:nbn:hr:217:212313
Martinić, Keti
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Mathematics

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Martinić, K. (2018). Maksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:212313

Martinić, Keti. "Maksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:212313

Martinić, Keti. "Maksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:212313

Martinić, K. (2018). 'Maksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 23 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:212313

Martinić K. Maksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2018 [cited 2024 December 23] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:212313

K. Martinić, "Maksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2018. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:212313

Metadata
TitleMaksimalne klike u analizi sličnosti proteinskih motiva
AuthorKeti Martinić
MentorPavle Goldstein (mentor)
Committee memberPavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
Committee memberLjiljana Arambašić (član povjerenstva)
Committee memberBoris Guljaš (član povjerenstva)
Committee memberBoris Širola (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Mathematics)
Zagreb
Defense date and country2018-11-28, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Mathematics
Abstract
Pretpostavka ili hipoteza u ovom radu je da struktura odgovora dobivenog iterativnim pretraživanjem proteoma nekog organizma korespondira biološkoj značajnosti odgovora. Proveli smo analizu odgovora dobivenih iterativnim pretraživanjem 4 biljna i jednog bakterijskog proteoma u odnosu na 5 upita. Na svim odgovorima tražili smo najveću kliku 0-1 grafa pridruženog odgovoru i dobili vrlo slične rezultate. Najveće klike biološki značajnih odgovora su sačuvale oko 70% odgovora dok su se ostale najveće klike raspale. Time smo pokazali da zaista postoji korespondencija između strukture i biološke značajnosti odgovora te da bi na osnovi veličine najveće klike mogli donijeti zaključak o biološkoj značajnosti odgovora. Također, na najvećim klikama biološki značajnih odgovora se povećavaju vrijednosti PPV-a, odnosno najveće klike sadrže veći udio pravih pozitivaca nego odgovori.
Abstract (english)
This work is concerned with the analysis of the iterative scanning response. We analyze responses for various queries against 4 plant and 1 bacterial proteome. We introduce a weighted graph structure on the response and, after certain adjustments, apply a maximal clique algorithm. We show that the size of the maximal clique corresponds strongly to the biological significance of the response. Furthermore, we show that the maximal clique captures the true positive part of the response very reliably.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:212313
Study programmeTitle: Mathematical Statistics
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra matematike (magistar/magistra matematike)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2019-06-06 09:39:50