Helicobacter pylori je gram-negativna bakterija koja živi u želucu sisavaca te se procjenjuje da nastanjuje želuce preko polovice ljudske populacije. Iako je četiri petina zaraženih asimptomatsko, H. pylori je identificirana kao uzročnik više bolesti gastrointestinalnog trakta, uključujući i rak. Trenutni je tretman, koji uključuje kombinaciju nekoliko antibiotika kroz više tjedana, skup i agresivan. U potrazi za mogućim novim lijekom, računalnim simulacijama proučava se vezanje različitih spojeva u vezna mjesta ključnih makromolekula bakterije. Formicin A, strukturni analogon adenozina, jedan je od spojeva koji potencijalno pruža mogućnost eliminacije H. pylori bez štetnih posljedica za organizam domaćina. Formicin A djeluje kao inhibitor purinske nukleozid forsforilaze iz bakterije H. pylori, proteina ključnog za obnovu purinskih DNA baza, a time i replikaciju H. pylori. Kako bismo obogatili razumijevanje interakcijskih mehanizama purinske nukleozid fosforilaze s inhibitorima tog proteina, u ovom radu istražene su interakcije različitih tautomernih oblika formicina A s purinskom nukleozid fosforilazom korištenjem računalnih simulacija. Nastava kemije je zahtjevna – fenomene opažene na makroskopskoj razini potrebno je tumačiti na atomsko- molekulskoj razini. Drugim riječima, ono dostupno osjetilima potrebno je tumačiti promjenama na razini koju ne vidimo. Svaki način vizualizacije problema dobrodošao je u nastavi kemije. Osnovnoškolski i srednjoškolski nastavni programi iz kemije obiluju sadržajima čije je usvajanje olakšano uporabom vizualizacijskih didaktičkih sredstava i materijala. Cilj ovog diplomskog rada bio je osmišljavanje nastavne strategije koja će računalnim programom vizualizirati prostornu građu molekula. Pripremljen je potrebni nastavni materijal i razrađen prijedlog jednog 90-minutnog nastavnog sata utemeljenog na nastavnoj strategiji učenja otkrivanjem, koji može poslužiti kao predložak za uključivanje ovakvih nastavnih sadržaja u svakodnevnu nastavnu praksu.