prikaz prve stranice dokumenta Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli
  Download
PDF 2.22 MB
master's thesis
Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2020. urn:nbn:hr:217:085885
Škevin, Sonja
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Škevin, S. (2020). Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:085885

Škevin, Sonja. "Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:085885

Škevin, Sonja. "Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:085885

Škevin, S. (2020). 'Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 03 January 2025, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:085885

Škevin S. Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2020 [cited 2025 January 03] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:085885

S. Škevin, "Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2020. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:085885

Metadata
TitleKonformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli
Title (english)Conformational search of azithromycin structural derivatives and their docking into peptidyl- transferase center of Escherichia coli large ribosomal subunit
AuthorSonja Škevin
MentorBranimir Bertoša (mentor)
Committee memberBranimir Bertoša (predsjednik povjerenstva)
Committee memberIvana Ivančić Baće (član povjerenstva)
Committee memberMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Committee memberNenad Malenica (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2020-06-16, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
Makrolidni antibiotici u širokoj su upotrebi od pedesetih godina dvadesetog stoljeća. Tijekom njihove dugogodišnje upotrebe u medicini i veterini došlo je do pojave rezistencije. Cilj ovog diplomskog rada bio je istražiti vezanje deset strukturnih derivata azitromicina u regiju PTAR ribosoma bakterije Escherichia coli metodom molekulskog uklapanja. Prvi korak bio je pretražiti konformacijski prostor svakog liganda metodom Monte Carlo uz korištenje četiri različita modela otapala. Najzastupljeniji konformeri korišteni su kao početne strukture u računima molekulskog uklapanja u regiju PTAR bakterijskog ribosoma. Računima molekulskog uklapanja izračunat je afinitet svih deset liganada za vezanje u vezno mjesto PTAR bakterijskog ribosoma. S obzirom da se rezistencija na makrolide temelji na dimetilaciji A2058 ili A2058G supstituciji, pronađen je ligand s najvećim potencijalom za aktivnost protiv bakterija rezistentnih na makrolide. Kod tog liganda, pet pronađenih energijski najpovoljnijih načina vezanja ne ostvaruje interakcije s A2058. Analiza rezultata računa molekulskog uklapanja za svih deset liganada ukazala je na važnost π-π interakcija za stabilizaciju liganda u veznom mjestu. Predložena su tri nova liganda kod kojih bi potencijal za ostvarivanje π-π interakcija u veznom mjestu PTAR ribosoma bakterije Escherichia coli trebao biti još izraženiji.
Abstract (english)
Macrolides are widely used antibiotics since 1950s. Their extensive use in medicine and veterinary medicine has led to the development of resistance. Goal of this thesis is to study binding of ten structural derivatives of azitromycin to PTAR region of Escherichia coli ribosome using computational methods, primarily docking. First step was to conduct Monte Carlo conformational searches of all ten ligands using four different solvent models. The representative conformers were used as input structures for docking study of their binding into bacterial PTAR. Binding affinities of all ten ligands into E. coli PTAR were obtained. Ligand that does not interact with A2058 within its five best binding modes was identified. That ligand is considered as the one with the greatest potential of effectiveness against macrolide resistant bacteria since bacterial resistance to macrolides is based on A2058 dimethylation or A2058G substitution. Analysis of the results obtained by docking pointed to the importance of π-π interactions for ligand stabilisation within bacterial PTAR. Three ligands with enhanced potential for π-π interactions within Escherichia coli PTAR are proposed proposal for further research
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:085885
Study programmeTitle: Molecular Biology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra molekularne biologije (magistar/magistra molekularne biologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2020-07-13 06:31:13