prikaz prve stranice dokumenta Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena
  Download
PDF 2.16 MB
master's thesis
Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. urn:nbn:hr:217:483614
Demir, Tanita
University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Institutional repository: Repository of the Faculty of Science

Cite this document

Demir, T. (2021). Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Demir, Tanita. "Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Demir, Tanita. "Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Demir, T. (2021). 'Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 17 May 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Demir T. Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2021 [cited 2024 May 17] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

T. Demir, "Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2021. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Metadata
TitleOptimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena
Title (english)Optimization of Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. zygotic embryo isolation for subsequent use in quantitative gene expression analysis
AuthorTanita Demir
MentorNataša Bauer (mentor)
Committee memberNataša Bauer (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Committee memberŽeljka Vidaković-Cifrek (član povjerenstva)
Committee memberDunja Leljak-Levanić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Science
(Department of Biology)
Zagreb
Defense date and country2021-02-26, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Biology
Abstract
Analize genske ekspresije u pojedinim embrionalnim stadijima daju uvid u genetske mehanizme i regulatorne mreže koji omogućuju potpuni razvoj embrija. Zbog točno određenog i predvidljivog razvoja tijekom embriogeneze, uročnjak (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) je idealan model u takvim istraživanjima. Brojne tehničke poteškoće povezane s izolacijom različitih stadija zigotnih embrija otežavaju analize ekspresije gena tijekom embriogeneze. Ovim radom uhodane su lako primjenjive metode izolacije pojedinih stadija embrija uročnjaka koje omogućuju izdvajanje velikog broja čistih embrija, oslobođenih od stanica majčinske biljke koje u ovakvom tipu istraživanja predstavljaju kontaminaciju. Uhodan je postupak mikromanipulacije zigotnih embrija, upotrebom invertnog mikroskopa s mikrodisektorom, koji omogućuje izdvajanje nekoliko razvojnih stadija embrija. Na različitim transgeničnim i mutantnim linijama uročnjaka provedena je metoda izolacije dovoljne količine mRNA za analize ekspresije gena u kotiledonarnim embrijima. Metodom reverzne transkripcije mRNA su prepisane u cDNA koja je korištena kao kalup za umnažanje u kvantitativnoj lančanoj reakciji polimeraze (qPCR), te je analizirana relativna ekspresija gena CML41 i FBW2 u kotiledonarnim embrijima. Provedeno istraživanje ukazuje da je za analizu genske ekspresije do 6 gena metodom qPCR potrebno izolirati ukupnu mRNA iz 70-tak kotiledonarnih embrija. Metode izolacije embrija i mRNA provedene u ovom radu pomoći će u planiranju eksperimenata transkriptomske analize embrija u budućim istraživanjima.
Abstract (english)
Gene expression analyses at individual embryonic stages give insight into genetic mechanisms and regulatory networks which enable completion of embryonic development. Due to its precise and predictable pattern of embryogenesis, Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. represents an ideal model plant. Numerous technical difficulties of zygotic embryo isolation at different stages hinder gene expression analyses during embryogenesis. Here, easily applicable methods of A. thaliana embryo isolation were described, enabling separation of a large number of embryos clean from surrounding tissues. A micromanipulation procedure using inverted microscope with microdissector was optimized, enabling isolation of embryos at different developmental stages. Furthermore, a method of mRNA isolation from cotyledonary embryos of different transgenic and mutant lines in quantities sufficient for subsequent gene expression analysis was performed. Using reverse transcription method, equivalent quantities of mRNA were transcribed to cDNA, which was used as template for amplification in quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and relative gene expression levels of CML41 and FBW2 in cotyledonary embryos were analysed. This research shows that total mRNA isolated from 70 cotyledonary embryos is sufficient for quantitative gene expression analysis by qPCR of at least 6 genes. Embrio and mRNA isolation methods performed in this research will help in future planning of embryo transcriptome analyses.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:217:483614
Study programmeTitle: Molecular Biology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra molekularne biologije (magistar/magistra molekularne biologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2021-03-09 08:08:59