Sve brži napredak tehnologije doprinio je da se računalne simulacije prometnu u bitan aspekt znanstvenog rada koji se razvija usporedo teorijskim i eksperimentalnim metodama. Simulacije molekularne dinamike daju uvid u mikroskopsko ponašanje sustava koje u eksperimentu možemo samo ugrubo promatrati pomoću makroskopskih mjerljivih veličina. U ovom radu kao alat za simulacije molekularne dinamike korišten je programski paket Gromacs, a sve s ciljem razumijevanja procesa otapanja nepolarnih molekula u polarnom i amfifilnom mediju. Za otopljene tvari odabrani su mali alkani i to metan, etan i propan simulirani pomoću OPLS-AA polja sile. Kao otapalo smo promatrali vodu i metanol. Ova dva otapala su odabrana zbog svoje različite prirode, voda predstavlja polarno otapalo i simulirana je s dva različita modela vode: SPC/E modelom i TIP4P/2005 modelom. Budući da postoji iznimno velik broj različitih modela vode, postoje i brojni članci fokusirani na njihove usporedbe, no unatoč tome nismo pronašli literaturu koja uspoređuje modele na osnovu njihove reprodukcije slobodne energije solvatacije. Ova dva modela su uspoređena sa eksperimentalnim rezultatima za uvjete temperature 300K i tlaka od 1bar i na temelju rezultata smo došli do zaključka da TIP4P/2005 model bolje opisuje kvalitativno i kvantitativno ponašanje slobodne energije solvatacije. Ono što se pokazalo iznimno zanimljivim je da i simulacije i eksperimentalni rezultati ne pokazuju linearni rast ∆G sa porastom alkanskog lanca kao što literature predviđa. Amfifilna otapala su predstavljena sa metanolom opisanim sa OPLS-UA poljem sile. Simulacije su napravljene za cijeli rang temperatura počevši sa 173K pa sve do 430K uz konstantni tlak od 1bar. Cilj ovih simulacija je bio uvidjeti kako se mijenja ∆G za sustav sa promjenom temperature. Predviđeno je bilo i da će alkani pokazivati bolju topljivost u metanolu upravo zbog njegove amfifilne prirode. Rezultati su ukazali na kompeticijske doprinose slobodnoj enegiji budući da krivulja ovisnosti energije solvatacije o temperaturi pokazuje maksimum. Rezultati ukazuju i na to da se veći alkani lakše otapaju u metanolu što se može objasniti formiranjem lančastih struktura metanola unutar samog sustava. Za ove simulacije nisu pronađeni eksperimentalni rezultati tako da su simulacije uspoređene sa rezultatima drugih znanstvenih grupa koje se bave istom tematikom i pronađeno je kvalitativno slaganje. Svi rezultati su pokazali dobro slaganje sa početnim pretpostavkama, no samo proučavanje simulacija je ukazalo na potrebu za korištenjem dodatnih metoda i programskih alata kako bi se dobio bolji uvod u promjene entalpije i entropije u procesu solvatacije što je dobra polazišna točka za daljni rad na ovoj tematici.