Segment fiskalnog sustava Europske unije je harmonizacija poreznih sustava zemalja članica.U cilju jačanja unutarnjeg tržišta, Europska unija raznim direktivama i pravnim propisima pokušava uskladiti porezne sustave zemalja članica. Obzirom na velike razlike poreznih propisa zemalja članica vrlo je teško postići potpunu harmonizaciju poreznih sustava. Mjere fiskalne harmonizacije usmjerene su na izravne i neizravne poreze. U području neizravnih poreza postignut je visok stupanj harmonizacije, osobito kod poreza na dodanu vrijednosti i trošarina. Ostali oblici neizravnih poreza nisu u fokusu harmonizacije. U području izravnih poreza razina usklađenosti puno niža. Obzirom da je harmonizacija neizravnih poreza definirana Ugovorom o Europskoj uniji, visok stupanj usklađenosti je očekivan. Harmonizacija izravnih poreza se ne spominje u Ugovoru o Europskoj uniji i stoga nailazi na brojne prepreke. Tek nakon uspostavljanja visokog stupnja usklađenosti u području neizravnih poreza, Europska unija je usmjerila napore ka harmonizaciji izravnih poreza. Usprkos postojanju jedinstvenog europskog tržišta, zajednička porezna politika još ne postoji na području Europske unije. Činjenica da se porezni sustavi smatraju nacionalnim suverenitetom dodatno otežava proces usklađivanja poreznih propisa. Međutim, bojazan zbog gubitka poreznog suvereniteta od strane zemalja članica Europske unije nije realan obzirom da cilj harmonizacije nije potpuno izjednačavanje poreznih sustava jer to nije ostvarivo.