kotoksini su toksični sekundarni metaboliti plijesni, najčešće rodova Aspergillus, Fusarium, Penicillium, Alternaria i Claviceps, a bolesti koje uzrokuju nazivaju se mikotoksikoze. Koncentracija mikotoksina u hrani na razini Europske unije regulira se Uredbom Komisije (EU) 2023/915 o najvećim dopuštenim količinama kontaminanata u hrani, a mikotoksini koji se uređuju tom Uredbom su aflatoksini, okratoksin A, patulin, deoksinivalenol, zearalenon, fumonizini, citrinin te sklerocij i alkaloidi glavice raži. Osim nekolicine mikotoksina koji su zakonski regulirani, otkriveni su i brojni drugi mikotoksini, primjerice sterigmatocistin, emodin, eniatini, beuvericin i moniliformin, no zbog nedovoljne istraženosti njihove najveće dozvoljene količine nisu propisane te su oni zakonski neregulirani. Općenito, da bi se spriječio nastanak mikotoksina potrebna je prevencija i to kroz implementaciju principa dobre poljoprivredne prakse te sustava poput HACCP-a u proizvodnji hrane, a ako se oni i pojave u uzgoju, u određenoj mjeri moguća je njihova dekontaminacija. Ipak, borba protiv mikotoksina je sve teža jer sve veće klimatske promjene stvaraju idealne uvjete za njihov nastanak, stoga je potrebna njihova stroga kontrola kroz laboratorijska ispitivanja. Danas su za određivanje mikotoksina najpoželjnije metode bazirane na korištenju spregnute tehnike tekućinske kromatografije i spektrometrije masa (LC-MS), uz jednostavnu pripremu uzoraka kao što je razrijedi i mjeri princip.