Kvaliteta u zdravstvu podrazumijeva planiranja, analize, kontrole, izvještavanja, organizacije i koordinacije, a najčešće upotrjebljavana norma je ISO 9001:2000. Standardima kvalitete nazivamo detaljno opisana mjerila koja se koriste prilikom obavljanja zdravstvenih postupaka, a klinički pokazatelji kvalitete koriste se pri mjerenju obavljanja zdravstvenih postupaka. Temeljna organizacijska jedinica u fizioterapiji kadrom, opremom i prostorom je usklađena s važećim Standardima fizioterapijske prakse te osigurava neometano odvijanje samog procesa fizikalne terapije. Razlikujemo fragmentarni model, koji danas nije u uporabi u zapadnim zdravstvenim sustavima, koji se temelji na tehničkom pristupu. U integralnom modelu jedan fizioterapeut procjenjuje pacijenta, spoznaje pacijentove probleme uz postavljanje ciljeva, planiranje procesa te naposlijetku provođenje same intervencije i mjerenje učinka iste. Na primarnoj razini zdravstvene djelatnosti Jedinica za fizioterapiju najčešće je organizirana kao privatna ordinacija ili kao ustanova. Model 1a ili 1b je preporučeni model organizacije na primarnoj razini, dok je na sekundarnoj ili tercijarnoj razini preporučen model 2 ili model 3. Standardi u praksi fizikalne terapije su načela provođenja fizikalne terapije te su usklađena s preporukama Svjetske organizacije za fizikalnu terapiju. Od fizioterapeuta se očekuje provođenje standarda kako bi se mogla pružiti dovoljno visoka kvaliteta fizikalne terapije.