Virus krpeljnog encefalitisa (KMEV) je mali, kuglasti virus s ovojnicom koji pripada porodici Flaviviridae, rodu Flavivirus, serokompleksu krpeljnog encefalitisa. Razlikuju se tri glavna podtipa virusa: dalekoistočni, sibirski i europski. Podtipovi se razlikuju po kliničkom očitovanju infekcije u ljudi, vektoru i zemljopisnoj rasprostranjenosti. Virus je rasprostranjen na području srednje Europe, Skandinavskom poluotoku te sve do Japana. KMEV se održava endemski, u takozvanim prirodnim žarištima gdje obitavaju rezervoari (mali glodavci) i vektori (krpelji roda Ixodes). Vektor europskog podtipa je obični krpelj Ixodes ricinus, dok je vektor dalekoistočnog i sibirskog podtipa krpelj koji obitava u tajgama, Ixodes perculcatus. Do infekcije KMEV-om u ljudi najčešće dolazi nakon ugriza zaraženog krpelja, ali se moguće zaraziti i konzumacijom mlijeka i mliječnih proizvoda od zaraženih životinja. Krpeljni encefalitis često ima bifazičan tijek. Značajka prve faze je nespecifičnost simptoma koji nalikuju gripi te traju četiri do pet dana. Druga faza je ona po kojoj je i bolest dobila ime, u kojoj virus zahvaća središnji živčani sustav te se javlja upala moždanih ovojnica (meningitis), a kod nekih bolesnika bolest napreduje i do upale mozga (encefalitis). U Hrvatskoj je KMEV endemski prisutan u kontinentalnim županijama, posebice sjeverozapadnim i istočnim. Većina oboljelih su osobe starije od 20 godina. Najveći broj oboljelih zabilježen je u razdoblju od svibnja do srpnja. Osim akutnih infekcija u ljudi i dokaza IgG seropozitivnih osoba, protutijela na KMEV dokazana su i u životinja (konji, psi, ovce). KMEV RNA dokazana je i u krpeljima skinutih s lisica te slezeni dva jelena. Svi detektirani sojevi KMEV u Hrvatskoj (jedan dokazan u bolesnika s encefalomijelitisom, sojevi dokazani u krpelja i jelena) pripadali su europskom podtipu virusa.