prikaz prve stranice dokumenta Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka
Access restricted to students and staff of home institution
master's thesis
Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Agriculture, 2019. urn:nbn:hr:204:543086
Soro, Filip
University of Zagreb
Faculty of Agriculture
Animal Science

Institutional repository: Repository Faculty of Agriculture University of Zagreb

Cite this document

Soro, F. (2019). Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Agriculture. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Soro, Filip. "Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Agriculture, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Soro, Filip. "Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Agriculture, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Soro, F. (2019). 'Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Agriculture, accessed 30 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Soro F. Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Agriculture; 2019 [cited 2024 December 30] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

F. Soro, "Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Agriculture, Zagreb, 2019. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Metadata
TitleProvjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka
Title (english)Review of estimation of effective population size through simulated genetic data
AuthorFilip Soro
MentorMaja Ferenčaković (mentor)
Committee memberMaja Ferenčaković (predsjednik povjerenstva)
Committee memberVlatka Čubrić Čurik (član povjerenstva)
Committee memberIno Čurik (član povjerenstva)
Committee memberVladimir Brajković (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Agriculture
(Animal Science)
Zagreb
Defense date and country2019-09-30, Croatia
Abstract
Razvojem i dostupnošću sve većeg broja genetskih markera procjena efektivne veličine populacije (Ne) sve se češće vrši korištenjem informacije o vezanim genima. Rezultati pojedinih programskih paketa za procjenu efektivne veličine populacije nisu sukladni stoga će se u ovom radu simulirati genomski podatci i na njima izvršiti procjena efektivne veličine te tako utvrditi točnost procjene. Simulirano je 150 populacija s različitom efektivnom veličinom populacije (Ne=50, Ne=100, Ne=250, Ne=500 i Ne=1000) u programskom paketu AplhaSimR. Na svim populacijama je izvršena procjena Ne programskim paketom SNeP. Na rezultatima procjene su napravljene dvije grupe regresija i t-test. Rezultati t-testa su pokazali kako je SNeP procjena zadovoljavajuća za populacije s manjom Ne (do Ne=100), no rezultati regresija su pokazali kako je procjena nepouzdana za sve populacije, tj. pojavio se problem razlike između praktične i statističke značajnosti. Na temelju rezultata regresija se zaključilo da SNeP procjena efektivne veličine nije zadovoljavajuća za situacije gdje je potrebna velika preciznost.
Abstract (english)
With development and availability more and more genetic markers, estimation of effective population size (Ne) is done by using information on linked genes. The results of some programs for estimation of effective population size are not compatible so in this thesis genetic data will be simulated and on them effective population size will be estimated in order to determine the accuracy of estimation. 150 population was simulated with different effective size (Ne=50, Ne=100, Ne=250, Ne=500 and Ne=1000) in software AlphaSimR. On all populations effective population size was estimated in SNeP software. Two groups of regressions and t-test were performed on the results of estimation. The results of the t-test showed that SNeP estimation is satisfactory for population with lower Ne (up to Ne=100) but the results of regressions showed that estimation is unreliabe for all populations, ie. the problem of difference between practical and statistical signifiance showed up. On the basis of the results of the regressions it was concluded that SNeP estimation of effective population size was unreliabe for situations were great precision is needed.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:204:543086
Study programmeTitle: Animal Genetics and Breeding
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja (magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsAccess restricted to students and staff of home institution
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2019-11-18 10:38:56