prikaz prve stranice dokumenta Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. urn:nbn:hr:204:543086
Soro, Filip
Sveučilište u Zagrebu
Agronomski fakultet
Opće stočarstvo

Institucijski repozitorij: Repozitorij Agronomskog fakulteta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Soro, F. (2019). Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Soro, Filip. "Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Soro, Filip. "Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Soro, F. (2019). 'Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, citirano: 25.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Soro F. Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet; 2019 [pristupljeno 25.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

F. Soro, "Provjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:543086
Podaci o radu
NaslovProvjera procjene efektivne veličine populacije putem simuliranih genomskih podataka
Naslov (engleski)Review of estimation of effective population size through simulated genetic data
AutorFilip Soro
MentorMaja Ferenčaković (mentor)
Član povjerenstvaMaja Ferenčaković (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaVlatka Čubrić Čurik (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIno Čurik (član povjerenstva)
Član povjerenstvaVladimir Brajković (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Agronomski fakultet
(Opće stočarstvo)
Zagreb
Datum i država obrane2019-09-30, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Poljoprivreda (agronomija)
Sažetak
Razvojem i dostupnošću sve većeg broja genetskih markera procjena efektivne veličine populacije (Ne) sve se češće vrši korištenjem informacije o vezanim genima. Rezultati pojedinih programskih paketa za procjenu efektivne veličine populacije nisu sukladni stoga će se u ovom radu simulirati genomski podatci i na njima izvršiti procjena efektivne veličine te tako utvrditi točnost procjene. Simulirano je 150 populacija s različitom efektivnom veličinom populacije (Ne=50, Ne=100, Ne=250, Ne=500 i Ne=1000) u programskom paketu AplhaSimR. Na svim populacijama je izvršena procjena Ne programskim paketom SNeP. Na rezultatima procjene su napravljene dvije grupe regresija i t-test. Rezultati t-testa su pokazali kako je SNeP procjena zadovoljavajuća za populacije s manjom Ne (do Ne=100), no rezultati regresija su pokazali kako je procjena nepouzdana za sve populacije, tj. pojavio se problem razlike između praktične i statističke značajnosti. Na temelju rezultata regresija se zaključilo da SNeP procjena efektivne veličine nije zadovoljavajuća za situacije gdje je potrebna velika preciznost.
Sažetak (engleski)
With development and availability more and more genetic markers, estimation of effective population size (Ne) is done by using information on linked genes. The results of some programs for estimation of effective population size are not compatible so in this thesis genetic data will be simulated and on them effective population size will be estimated in order to determine the accuracy of estimation. 150 population was simulated with different effective size (Ne=50, Ne=100, Ne=250, Ne=500 and Ne=1000) in software AlphaSimR. On all populations effective population size was estimated in SNeP software. Two groups of regressions and t-test were performed on the results of estimation. The results of the t-test showed that SNeP estimation is satisfactory for population with lower Ne (up to Ne=100) but the results of regressions showed that estimation is unreliabe for all populations, ie. the problem of difference between practical and statistical signifiance showed up. On the basis of the results of the regressions it was concluded that SNeP estimation of effective population size was unreliabe for situations were great precision is needed.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:204:543086
Studijski programNaziv: Genetika i oplemenjivanje životinja
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja (mag. ing. agr.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-11-18 10:38:56