prikaz prve stranice dokumenta Procjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena
  Download
PDF 914.15 KB
master's thesis
Procjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Agriculture, 2019. urn:nbn:hr:204:873108
Došen, Valentina
University of Zagreb
Faculty of Agriculture
Animal Science

Institutional repository: Repository Faculty of Agriculture University of Zagreb

Cite this document

Došen, V. (2019). Procjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Agriculture. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:873108

Došen, Valentina. "Procjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Agriculture, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:873108

Došen, Valentina. "Procjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Agriculture, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:873108

Došen, V. (2019). 'Procjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Agriculture, accessed 14 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:873108

Došen V. Procjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Agriculture; 2019 [cited 2024 November 14] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:873108

V. Došen, "Procjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Agriculture, Zagreb, 2019. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:204:873108

Metadata
TitleProcjena efektivne veličine populacije iz vezanih i nevezanih gena
Title (english)Estimation of effective population's size by linked and unlinked genes
AuthorValentina Došen
MentorMaja Ferenčaković (mentor)
Committee memberMaja Ferenčaković (predsjednik povjerenstva)
Committee memberVlatka Čubrić Čurik (član povjerenstva)
Committee memberIno Čurik (član povjerenstva)
Committee memberVladimir Brajković (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Agriculture
(Animal Science)
Zagreb
Defense date and country2019-09-30, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOTECHNICAL SCIENCES
Agronomy
Abstract
Efektivna veličina populacije (Ne) predstavlja ključni parametar u populacijskoj genetici koji opisuje količinu genetskog drifta u populaciji. Drugim riječima, Ne je definirana kao veličina hipotetski idealne populacije (N) koja bi doživjela istu količinu genetske promjene, tj. isti iznos genetskog drifta, kao realna populacija koju razmatramo. Procjena Ne putem metode disekvilibrijuma vezanih gena (eng. "linkage disequilibrium" - LD) sve se češće koristi u procjeni parametara populacije. Međutim, ova procjena, zbog specifičnosti formule, uključuje i markere koji nisu vezani, već se samo nalaze u korelaciji (eng. "gametic disequilibrium" - GD). Procjena Ne putem metode disekvilibrijuma vezanih markera (NeLD) često se koristi u populacijskoj genetici ljudi i domaćih životinja. Suprotno, procjena Ne iz informacije disekvilibrijuma nevezanih markera (NeGD) često se koristi u populacijskoj genetici divljih životinja.Ovim radom nastojat će se odvojiti GD i LD i na taj način usporediti procjene Ne s i bez GD-a. Cilj ovog rada je procijeniti Ne programskim paketima NeEstimator i SNeP. Procjene će se potom usporediti budući da ovi programski paketi djeluju na različitim algoritmima. U radu se koriste podaci šest populacija ovaca s ukupnim brojem od 354 jedinke.
Abstract (english)
Effective population size (Ne) is a key population genetic parametar that describes the amount of genetic drift in a population. In other words, Ne is defined as the size of a hypothetically ideal population (N) that would experience the same amount of genetic change (genetic drift) as the real population we are considering. Estimation of effective population size (Ne) by the linkage disequilibrium (LD) method is increasingly used to estimation of population's parameters. However, due to the specificity of the formula, this assessment also includes markers that are not linked but only correlated (gametic disequilibrium – GD). Estimation of Ne by disequilibrium linked marker (NeLD) method is often used in population genetics of humans and domestic animals. On the contrary, the estimation of Ne from disequiliubrium unlinked markers information (NeGD) is often used in genetics of wild animals. This paper will seek to separate GD and LD and thus compare the estimates Ne with and without GD. The aim of this paper is to estimate Ne by programs NeEstimator and SNeP. The estimates will then be compared because programs run on different algorithms. The paper uses data from six sheep populations with a total of 354 individuals.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:204:873108
Study programmeTitle: Animal Genetics and Breeding
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja (magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Embargo expiration date: 2020-11-19
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2019-11-19 07:25:48