prikaz prve stranice dokumenta EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja
No public access
master's thesis
EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2015. urn:nbn:hr:168:466265
Šterbić, Luka
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Šterbić, L. (2015). EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Šterbić, Luka. "EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Šterbić, Luka. "EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Šterbić, L. (2015). 'EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 24 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Šterbić L. EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2015 [cited 2024 December 24] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

L. Šterbić, "EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2015. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Metadata
TitleEAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja
Title (english)EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Read Extension
AuthorLuka Šterbić
MentorMile Šikić (mentor)
Committee memberMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberDamir Seršić (član povjerenstva)
Committee memberMirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2015-12-21, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		TECHNICAL SCIENCES
Computing
Abstract
Metode sekvenciranja druge generacije (NGS) ubrzanim tempom postaju svakodnevica kliničke medicine. Glavni nedostatak NGS tehnologija je nemogućnost rekonstrukcije dugačkih ponavljajućih regija genoma s obzirom na to da je svako pojedino očitanje dugo najviše 300 baza. EAGLER je alat namijenjen zatvaranju rupa u već sastavljenim genomima. Takvi genomi su rezultat modernih asemblera kao što su SGA, ABySS i SPAdes. Alat prima na ulaz sastavljeni genom i skup dugačkih očitanja, PacBio ili Nanopore, te kao rezultat vraća skup scaffolda. Rezultati testova na genomu Escherichia Coli K12 MG1655 pokazali su se vrlo obećavajućima. Koristeći PacBio očitanja pokrivenosti 20x postigao se prosječni identitet sekvence od 98.96%.
Abstract (english)
Next Generation Sequencing (NGS) is rapidly becoming a cornerstone of clinical medicine. The limiting factor of NGS technologies is the inability to reconstruct genomic regions with high repeat rates since a single read can span only up to 300 base pairs. The EAGLER scaffolder is a post-assembly tool aimed at closing gaps in the draft assemblies created by NGS assemblers such as SGA, ABySS and SPAdes. The scaffolder takes as input a draft genome and a set of long reads, either PacBio or Nanopore, and outputs a set of scaffolds. It has shown very promising results on the Escherichia Coli K12 MG1655 genome achieving an average identity of 98.96% using PacBio long reads with a 20x coverage.
Keywords
Keywords (english)
Languageenglish
URN:NBNurn:nbn:hr:168:466265
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2018-02-06 12:23:20