prikaz prve stranice dokumenta EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja
Rad nije dostupan
diplomski rad
EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. urn:nbn:hr:168:466265
Šterbić, Luka
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Šterbić, L. (2015). EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Šterbić, Luka. "EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Šterbić, Luka. "EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Šterbić, L. (2015). 'EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 07.06.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Šterbić L. EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2015 [pristupljeno 07.06.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

L. Šterbić, "EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2015. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:466265
Podaci o radu
NaslovEAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja
Naslov (engleski)EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Read Extension
AutorLuka Šterbić
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaDamir Seršić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2015-12-21, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Metode sekvenciranja druge generacije (NGS) ubrzanim tempom postaju svakodnevica kliničke medicine. Glavni nedostatak NGS tehnologija je nemogućnost rekonstrukcije dugačkih ponavljajućih regija genoma s obzirom na to da je svako pojedino očitanje dugo najviše 300 baza. EAGLER je alat namijenjen zatvaranju rupa u već sastavljenim genomima. Takvi genomi su rezultat modernih asemblera kao što su SGA, ABySS i SPAdes. Alat prima na ulaz sastavljeni genom i skup dugačkih očitanja, PacBio ili Nanopore, te kao rezultat vraća skup scaffolda. Rezultati testova na genomu Escherichia Coli K12 MG1655 pokazali su se vrlo obećavajućima. Koristeći PacBio očitanja pokrivenosti 20x postigao se prosječni identitet sekvence od 98.96%.
Sažetak (engleski)
Next Generation Sequencing (NGS) is rapidly becoming a cornerstone of clinical medicine. The limiting factor of NGS technologies is the inability to reconstruct genomic regions with high repeat rates since a single read can span only up to 300 base pairs. The EAGLER scaffolder is a post-assembly tool aimed at closing gaps in the draft assemblies created by NGS assemblers such as SGA, ABySS and SPAdes. The scaffolder takes as input a draft genome and a set of long reads, either PacBio or Nanopore, and outputs a set of scaffolds. It has shown very promising results on the Escherichia Coli K12 MG1655 genome achieving an average identity of 98.96% using PacBio long reads with a 20x coverage.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:466265
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2018-02-06 12:23:20