prikaz prve stranice dokumenta Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja
No public access
master's thesis
Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2018. urn:nbn:hr:168:689373
Žuljević, Petar
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Žuljević, P. (2018). Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Žuljević, Petar. "Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Žuljević, Petar. "Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Žuljević, P. (2018). 'Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 16 June 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Žuljević P. Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2018 [cited 2024 June 16] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

P. Žuljević, "Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2018. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Metadata
TitlePretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja
Title (english)Protein Database Search Using Partial Order Alignment
AuthorPetar Žuljević
MentorMile Šikić (mentor)
Committee memberMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberDamir Seršić (član povjerenstva)
Committee memberKrešimir Križanović (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2018-07-05, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		TECHNICAL SCIENCES
Computing
Abstract
Pretraživanje proteinskih baza jedan je od temeljnih problema u bioinformatici za koji su razvijene različite egzaktne i heuristične metode. Iako je vrijeme izvođenja heurističnih alata nekoliko reda veličine manje od najpoznatijeg i najkorištenijeg alata BLAST, niti jedan alat ne konkurira alatu BLAST po senzitivnosti. Cilj ovog rada je implementirati novu egzaktnu metodu za lokalno poravnanje proteina temeljenu na djelomično uređenom poravnanju (partial order alignment ili kraće POA). U idealnom slučaju, implementirana metoda bi trebala po brzini izvođenja konkurirati alatu BLAST. Glavna ideja ove metode je grupiranje proteina iz proteinske baze kako bi se smanjio prostor pretraživanja, tj. poravnanje svakog proteina iz upita sa svakim u bazi. Grupe u ovom smislu su djelomično uređeni grafovi koji sadrže slične proteine. Pretraživanje baze se tada svodi na poravnanje proteina iz upita sa svakim grafom u bazi, tj. višestruko poravnanje sekvenci (multiple sequence alignment ili MSA). Kada se odrede grafovi s najboljim poravnanjima, iz samih grafova se izdvoje zasebna poravnanja. Rješenje mora biti napisano u C++ jeziku, programski kod komentiran te prilikom pisanja pratiti stil opisan u Googleovom C++ vodiču. Kompletnu aplikaciju postaviti na GIT pod jednom od OSi odobrenih licenci.
Abstract (english)
Protein database search is one of the fundamental challenges in bioinformatics. Today we know exact and heuristic methods. The goal of this thesis is to implement new method to achieve alignment based on partial order alignment.
Keywords
Keywords (english)
Languageenglish
URN:NBNurn:nbn:hr:168:689373
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2019-03-14 02:28:37