prikaz prve stranice dokumenta Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja
Rad nije dostupan
diplomski rad
Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2018. urn:nbn:hr:168:689373
Žuljević, Petar
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Žuljević, P. (2018). Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Žuljević, Petar. "Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Žuljević, Petar. "Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Žuljević, P. (2018). 'Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 05.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Žuljević P. Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2018 [pristupljeno 05.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

P. Žuljević, "Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:689373
Podaci o radu
NaslovPretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja
Naslov (engleski)Protein Database Search Using Partial Order Alignment
AutorPetar Žuljević
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaDamir Seršić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2018-07-05, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Pretraživanje proteinskih baza jedan je od temeljnih problema u bioinformatici za koji su razvijene različite egzaktne i heuristične metode. Iako je vrijeme izvođenja heurističnih alata nekoliko reda veličine manje od najpoznatijeg i najkorištenijeg alata BLAST, niti jedan alat ne konkurira alatu BLAST po senzitivnosti. Cilj ovog rada je implementirati novu egzaktnu metodu za lokalno poravnanje proteina temeljenu na djelomično uređenom poravnanju (partial order alignment ili kraće POA). U idealnom slučaju, implementirana metoda bi trebala po brzini izvođenja konkurirati alatu BLAST. Glavna ideja ove metode je grupiranje proteina iz proteinske baze kako bi se smanjio prostor pretraživanja, tj. poravnanje svakog proteina iz upita sa svakim u bazi. Grupe u ovom smislu su djelomično uređeni grafovi koji sadrže slične proteine. Pretraživanje baze se tada svodi na poravnanje proteina iz upita sa svakim grafom u bazi, tj. višestruko poravnanje sekvenci (multiple sequence alignment ili MSA). Kada se odrede grafovi s najboljim poravnanjima, iz samih grafova se izdvoje zasebna poravnanja. Rješenje mora biti napisano u C++ jeziku, programski kod komentiran te prilikom pisanja pratiti stil opisan u Googleovom C++ vodiču. Kompletnu aplikaciju postaviti na GIT pod jednom od OSi odobrenih licenci.
Sažetak (engleski)
Protein database search is one of the fundamental challenges in bioinformatics. Today we know exact and heuristic methods. The goal of this thesis is to implement new method to achieve alignment based on partial order alignment.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:689373
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2019-03-14 02:28:37