prikaz prve stranice dokumenta Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja
No public access
undergraduate thesis
Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2019. urn:nbn:hr:168:405366
Penić, Rafael Josip
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Penić, R. J. (2019). Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja (Undergraduate thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Penić, Rafael Josip. "Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Penić, Rafael Josip. "Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Penić, R. J. (2019). 'Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja', Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 29 June 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Penić RJ. Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja [Undergraduate thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2019 [cited 2024 June 29] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

R. J. Penić, "Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja", Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2019. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Metadata
TitleIzgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja
Title (english)A Programming Library for Mapping Long RNA Reads
AuthorRafael Josip Penić
MentorMile Šikić (mentor)
Committee memberMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Committee memberRobert Vaser (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2019-09-09, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		TECHNICAL SCIENCES
Computing
Abstract
Jedan od glavnih problema kojima se bavi bioinformatika je poravnavanje bioloških sljedova. Ponekad je, kao kod poravnavanja RNA očitanja, potrebno prepoznati duge procijepe brisanja što klasični algoritmi poravnavanja nisu u stanju učiniti. Kako bi se osiguralo da se takvi procijepi prepoznaju za kažnjavanje brisanja koristi se konkavna funkcija. Kako je izračunavanje konkavne funkcije relativno skup proces, ona se aproksimira s više afinih funkcija. Najpoznatiji algoritam koja otkriva procijepe je Gotohov algoritam. Vektorizacija je tehnologija koju podržava većina modernih procesora i omogućava da se na nekom većem skupu podataka neke operacije kao što je zbrajanje izvode istovremeno. Upravo zbog toga, vektorizacija može uvelike ubrzati postupak poravnavanja nizova. U sklopu ovog završnog rada razvijen je alat OSALG koji nudi implementaciju Gotohovog algoritma te vektorizacijsko poravnavanje nizova s prepoznavanjem dugačkih procijepa.
Abstract (english)
One of the main problems of bioinformatics is sequence alignment. Sometimes, as when aligning RNA sequences, it is necessary to find long deletion gaps which is something most classic alignment algorithms cannot do. To make sure such gaps get found, we use concave penalty function. Calculating value of concave function in specific point is complex and slow process so we approximate it with a certain number of affine functions. Most popular algorithm allowing for long gaps is Gotoh's algorithm. Vectorization is technology supported by most modern processors and it allows us to do simple operations such as addition on bigger data at the same time. Because of that, vectorization can efficiently speed up sequence alignment process. We developed tool called OSALG, an implementation of Gotoh's algorithm.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:168:405366
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2020-01-07 21:12:44