prikaz prve stranice dokumenta Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja
Rad nije dostupan
završni rad
Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. urn:nbn:hr:168:405366
Penić, Rafael Josip
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Penić, R. J. (2019). Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Penić, Rafael Josip. "Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Penić, Rafael Josip. "Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Penić, R. J. (2019). 'Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 07.10.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Penić RJ. Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2019 [pristupljeno 07.10.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

R. J. Penić, "Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:405366
Podaci o radu
NaslovIzgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja
Naslov (engleski)A Programming Library for Mapping Long RNA Reads
AutorRafael Josip Penić
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaRobert Vaser (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2019-09-09, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Jedan od glavnih problema kojima se bavi bioinformatika je poravnavanje bioloških sljedova. Ponekad je, kao kod poravnavanja RNA očitanja, potrebno prepoznati duge procijepe brisanja što klasični algoritmi poravnavanja nisu u stanju učiniti. Kako bi se osiguralo da se takvi procijepi prepoznaju za kažnjavanje brisanja koristi se konkavna funkcija. Kako je izračunavanje konkavne funkcije relativno skup proces, ona se aproksimira s više afinih funkcija. Najpoznatiji algoritam koja otkriva procijepe je Gotohov algoritam. Vektorizacija je tehnologija koju podržava većina modernih procesora i omogućava da se na nekom većem skupu podataka neke operacije kao što je zbrajanje izvode istovremeno. Upravo zbog toga, vektorizacija može uvelike ubrzati postupak poravnavanja nizova. U sklopu ovog završnog rada razvijen je alat OSALG koji nudi implementaciju Gotohovog algoritma te vektorizacijsko poravnavanje nizova s prepoznavanjem dugačkih procijepa.
Sažetak (engleski)
One of the main problems of bioinformatics is sequence alignment. Sometimes, as when aligning RNA sequences, it is necessary to find long deletion gaps which is something most classic alignment algorithms cannot do. To make sure such gaps get found, we use concave penalty function. Calculating value of concave function in specific point is complex and slow process so we approximate it with a certain number of affine functions. Most popular algorithm allowing for long gaps is Gotoh's algorithm. Vectorization is technology supported by most modern processors and it allows us to do simple operations such as addition on bigger data at the same time. Because of that, vectorization can efficiently speed up sequence alignment process. We developed tool called OSALG, an implementation of Gotoh's algorithm.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:405366
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2020-01-07 21:12:44