prikaz prve stranice dokumenta Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA
No public access
undergraduate thesis
Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2020. urn:nbn:hr:168:051737
Jurić, Matija
University of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing

Institutional repository: FER Repository

Cite this document

Jurić, M. (2020). Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA (Undergraduate thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Jurić, Matija. "Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Jurić, Matija. "Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA." Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Jurić, M. (2020). 'Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA', Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, accessed 11 July 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Jurić M. Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA [Undergraduate thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing; 2020 [cited 2024 July 11] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

M. Jurić, "Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA", Undergraduate thesis, University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, Zagreb, 2020. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Metadata
TitlePopravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA
Title (english)Genome Scaffolding Based on HERA Algorithm
AuthorMatija Jurić
MentorKrešimir Križanović (mentor)
Committee memberKrešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMile Šikić (član povjerenstva)
Committee memberRobert Vaser (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Electrical Engineering and Computing
Zagreb
Defense date and country2020-09-15, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		TECHNICAL SCIENCES
Computing
Abstract
Današnji uređaji za sekvenciranje nemaju mogućnosti sekvencirati cijele genome, već samo pročitati manje dijelove koji se nazivaju očitanja uz prisutnost određene količine pogreške u procesu. Budući da je sastavljanje cijelog genoma na temelju takvih očitanja jedan od osnovnih zadataka u bioinformatici, potrebno je moći što bolje sastaviti cijeli genom te minimizirati količinu pogrešaka nastalih tijekom procesa sastavljanja. Alati za sastavljanje genoma u mogućnosti su sastaviti samo manje dijelove većih genoma što rezultira djelomično sastavljenim fragmentiranim genomima. Za poboljšanje takvih djelomično sastavljenih genoma koriste se dodatni alati. U ovom radu koristimo poboljšanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na tri osnovna koraka algoritma HERA: generiranje grafa preklapanja, generiranje staza kroz graf te odabir najboljih staza u grafu za generiranje sekvenci. Rezultati takvog pristupa rješavanja problema djelomično sastavljenog genoma prikazani su na testnim podacima sekvenci.
Abstract (english)
Present sequencers are not capable of sequencing whole genomes but only smaller parts which are called reads, with a certain amount of error. Due to the fact that assembling whole genomes based on that kind of reads is one of the basic tasks in Bioinformatics, it is necessary to be able to assemble the whole genome while minimizing the amount of error created in the process of it. Tools for assembling genomes are capable of assembling only smaller parts of larger genomes which results in partially assembled fragmented genomes. We use additional tools for improving partially assembled fragmented genomes. In this paper we use three basic steps of the HERA algorithm for improving partially assembled fragmented genomes: generating overlap graph, generating paths in graph and picking the best paths in graph for generating sequences. Results of this approach for improving partially assembled fragmented genomes are shown on test sample sequences.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:168:051737
Study programmeTitle: Computing
Study programme type: university
Study level: undergraduate
Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Public note
Created on2023-01-14 09:02:24