prikaz prve stranice dokumenta Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA
Rad nije dostupan
završni rad
Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. urn:nbn:hr:168:051737
Jurić, Matija
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Institucijski repozitorij: Repozitorij FER-a

Citirajte ovaj rad

Jurić, M. (2020). Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Jurić, Matija. "Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Jurić, Matija. "Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Jurić, M. (2020). 'Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 09.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Jurić M. Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2020 [pristupljeno 09.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

M. Jurić, "Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2020. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:051737
Podaci o radu
NaslovPopravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA
Naslov (engleski)Genome Scaffolding Based on HERA Algorithm
AutorMatija Jurić
MentorKrešimir Križanović (mentor)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMile Šikić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaRobert Vaser (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2020-09-15, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Današnji uređaji za sekvenciranje nemaju mogućnosti sekvencirati cijele genome, već samo pročitati manje dijelove koji se nazivaju očitanja uz prisutnost određene količine pogreške u procesu. Budući da je sastavljanje cijelog genoma na temelju takvih očitanja jedan od osnovnih zadataka u bioinformatici, potrebno je moći što bolje sastaviti cijeli genom te minimizirati količinu pogrešaka nastalih tijekom procesa sastavljanja. Alati za sastavljanje genoma u mogućnosti su sastaviti samo manje dijelove većih genoma što rezultira djelomično sastavljenim fragmentiranim genomima. Za poboljšanje takvih djelomično sastavljenih genoma koriste se dodatni alati. U ovom radu koristimo poboljšanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na tri osnovna koraka algoritma HERA: generiranje grafa preklapanja, generiranje staza kroz graf te odabir najboljih staza u grafu za generiranje sekvenci. Rezultati takvog pristupa rješavanja problema djelomično sastavljenog genoma prikazani su na testnim podacima sekvenci.
Sažetak (engleski)
Present sequencers are not capable of sequencing whole genomes but only smaller parts which are called reads, with a certain amount of error. Due to the fact that assembling whole genomes based on that kind of reads is one of the basic tasks in Bioinformatics, it is necessary to be able to assemble the whole genome while minimizing the amount of error created in the process of it. Tools for assembling genomes are capable of assembling only smaller parts of larger genomes which results in partially assembled fragmented genomes. We use additional tools for improving partially assembled fragmented genomes. In this paper we use three basic steps of the HERA algorithm for improving partially assembled fragmented genomes: generating overlap graph, generating paths in graph and picking the best paths in graph for generating sequences. Results of this approach for improving partially assembled fragmented genomes are shown on test sample sequences.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:051737
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-14 09:02:24