prikaz prve stranice dokumenta Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK
  Download
PDF 2.14 MB
master's thesis
Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK
Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2023. urn:nbn:hr:152:010454
Ivanko, Mateja
Josip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek

Institutional repository: Repository of the Faculty of Medicine Osijek

Cite this document

Ivanko, M. (2023). Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK (Master's thesis). Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Ivanko, Mateja. "Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK." Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Ivanko, Mateja. "Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK." Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Ivanko, M. (2023). 'Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK', Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, accessed 22 November 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Ivanko M. Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK [Master's thesis]. Osijek: Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek; 2023 [cited 2024 November 22] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

M. Ivanko, "Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK", Master's thesis, Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Faculty of Medicine Osijek, Osijek, 2023. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Metadata
TitleAnaliza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK
Title (english)Analysis of murine anterior pituitary thyrotropes using single cell RNA sequencing
AuthorMateja Ivanko
MentorMario Štefanić (mentor)
Committee memberStana Tokić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberMartina Mihalj (član povjerenstva)
Committee memberMario Štefanić (član povjerenstva)
GranterJosip Juraj Strossmayer University of Osijek
Faculty of Medicine Osijek
Osijek
Defense date and country2023-09-20, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Basic Medical Sciences
Abstract
CILJ ISTRAŽIVANJA. Tireotropne stanice hipofize igraju središnju ulogu u homeostazi hormona štitnjače, ali temeljna pitanja u vezi s njihovom transkripcijskom organizacijom i regulacijom ostaju otvorena. Svrha rada je cenzus tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK (scRNA-Seq), s ciljem identifikacije razlikovnih biljega i genskih regulona. METODE. U tu svrhu, reanalizirali smo podatke scRNA-Seq iz 5 mišjih hipofiza kako bismo sveobuhvatno karakterizirali transkripcijsku dinamiku stanica koje proizvode tireotropin u homeostatskim uvjetima (Gene Expression Omnibus ID GSE161751, Seurat v4 alat, C57BL/6N soj u dobi 7-10 tjedana). Provedena je diferencijalna analiza genskog izražaja (Wilcoxonov test), nakon čega je uslijedila analiza obogaćenih putova (Broad Molecular Signatures Database v7.51). Nakon toga, aktivnost ključnih transkripcijskih čimbenika i genskih regulacijskih mreža identificirana je primjenom SCENIC algoritma na sirovim scRNA-Seq podacima. REZULTATI. Tireotropi (n=82) čine <2 % ukupnog staničnog inventara prednjeg režnja mišje hipofize (n=4486), i odlikuju se osobitim transkripcijskim i regulacijskim obliježjima u usporedbi s drugim sekretornim stanicama. U SCENIC analizi, identificirano je 129 transkripcijskih regulona koji pokazuju najjaču aktivnost u subpopulaciji tireotropa, razotkrivajući brojne nove i arhetipske, bona fide regulatore. ZAKLJUČCI. Naš jednostanični atlas tireotropa odraslih miševa nudi uvid u njihovu transkripcijsku organizaciju i regulaciju, pružajući polazište za nove analize. Ključne riječi: analiza sekvenci; genske regulacijske mreže; jednostanična analiza; miševi, usrođeni C57BL; prednji režanj hipofize; profiliranje genskog izražaja; računalna biologija; RNK; tireotropi Ključne riječi: analiza sekvenci; genske regulacijske mreže; jednostanična analiza; miševi, usrođeni C57BL; prednji režanj hipofize; profiliranje genskog izražaja; računalna biologija; RNK; tireotropi
Abstract (english)
AIM. Pituitary thyrotropes play a central role in thyroid hormone homeostasis, but fundamental questions remain regarding their transcriptional organization and regulation. To this purpose, we provide the census of mouse pituitary thyrotrope cells using single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq), with the aim of identifying differentially expressed markers and gene regulons. METHODS. We reanalyzed scRNA-Seq data from 5 murine pituitaries to comprehensively characterize the transcriptional dynamics of thyrotropin-producing cells under homeostatic conditions (Gene Expression Omnibus Identifier GSE161751, Seurat v4 pipeline, C57BL/6N strain, 7-10 weeks old). Differential gene expression analysis was performed (Wilcoxon’s test), followed by pathway enrichment profiling (Broad Molecular Signatures Database v7.51). In addition, key transcription factor activities and gene-regulatory networks were identified by running SCENIC workflow on raw scRNA-Seq data. RESULTS. Thyrotropes (n=82) occupy <2 % of the total cellular inventory in mouse anterior pituitary (n=4486), showing distinct transcriptional and regulatory signatures as compared with other secretory cells. SCENIC analysis identified 129 transcriptional regulons that exhibit the strongest activities in thyrotrope subpopulation, revealing a number of novel and archetypal, bona fide regulators. CONCLUSIONS. Our single cell atlas of adult murine thyrotropes provides an insight into their transcriptional organization and regulation, providing a starting point for novel analyses.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:152:010454
Study programmeTitle: University graduate study
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike (magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2024-06-25 05:38:07