prikaz prve stranice dokumenta Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK
  Preuzmi
PDF 2.14 MB
diplomski rad
Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK
Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. urn:nbn:hr:152:010454
Ivanko, Mateja
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek

Institucijski repozitorij: Repozitorij MEFOS

Citirajte ovaj rad

Ivanko, M. (2023). Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK (Diplomski rad). Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Ivanko, Mateja. "Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Ivanko, Mateja. "Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK." Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Ivanko, M. (2023). 'Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK', Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Ivanko M. Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK [Diplomski rad]. Osijek: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek; 2023 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

M. Ivanko, "Analiza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK", Diplomski rad, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek, Osijek, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:010454
Podaci o radu
NaslovAnaliza tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK
Naslov (engleski)Analysis of murine anterior pituitary thyrotropes using single cell RNA sequencing
AutorMateja Ivanko
MentorMario Štefanić (mentor)
Član povjerenstvaStana Tokić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Mihalj (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMario Štefanić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Medicinski fakultet Osijek
Osijek
Datum i država obrane2023-09-20, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO
Temeljne medicinske znanosti
Sažetak
CILJ ISTRAŽIVANJA. Tireotropne stanice hipofize igraju središnju ulogu u homeostazi hormona štitnjače, ali temeljna pitanja u vezi s njihovom transkripcijskom organizacijom i regulacijom ostaju otvorena. Svrha rada je cenzus tireotropnih stanica mišje adenohipofize sekvenciranjem jednostanične RNK (scRNA-Seq), s ciljem identifikacije razlikovnih biljega i genskih regulona. METODE. U tu svrhu, reanalizirali smo podatke scRNA-Seq iz 5 mišjih hipofiza kako bismo sveobuhvatno karakterizirali transkripcijsku dinamiku stanica koje proizvode tireotropin u homeostatskim uvjetima (Gene Expression Omnibus ID GSE161751, Seurat v4 alat, C57BL/6N soj u dobi 7-10 tjedana). Provedena je diferencijalna analiza genskog izražaja (Wilcoxonov test), nakon čega je uslijedila analiza obogaćenih putova (Broad Molecular Signatures Database v7.51). Nakon toga, aktivnost ključnih transkripcijskih čimbenika i genskih regulacijskih mreža identificirana je primjenom SCENIC algoritma na sirovim scRNA-Seq podacima. REZULTATI. Tireotropi (n=82) čine <2 % ukupnog staničnog inventara prednjeg režnja mišje hipofize (n=4486), i odlikuju se osobitim transkripcijskim i regulacijskim obliježjima u usporedbi s drugim sekretornim stanicama. U SCENIC analizi, identificirano je 129 transkripcijskih regulona koji pokazuju najjaču aktivnost u subpopulaciji tireotropa, razotkrivajući brojne nove i arhetipske, bona fide regulatore. ZAKLJUČCI. Naš jednostanični atlas tireotropa odraslih miševa nudi uvid u njihovu transkripcijsku organizaciju i regulaciju, pružajući polazište za nove analize. Ključne riječi: analiza sekvenci; genske regulacijske mreže; jednostanična analiza; miševi, usrođeni C57BL; prednji režanj hipofize; profiliranje genskog izražaja; računalna biologija; RNK; tireotropi Ključne riječi: analiza sekvenci; genske regulacijske mreže; jednostanična analiza; miševi, usrođeni C57BL; prednji režanj hipofize; profiliranje genskog izražaja; računalna biologija; RNK; tireotropi
Sažetak (engleski)
AIM. Pituitary thyrotropes play a central role in thyroid hormone homeostasis, but fundamental questions remain regarding their transcriptional organization and regulation. To this purpose, we provide the census of mouse pituitary thyrotrope cells using single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq), with the aim of identifying differentially expressed markers and gene regulons. METHODS. We reanalyzed scRNA-Seq data from 5 murine pituitaries to comprehensively characterize the transcriptional dynamics of thyrotropin-producing cells under homeostatic conditions (Gene Expression Omnibus Identifier GSE161751, Seurat v4 pipeline, C57BL/6N strain, 7-10 weeks old). Differential gene expression analysis was performed (Wilcoxon’s test), followed by pathway enrichment profiling (Broad Molecular Signatures Database v7.51). In addition, key transcription factor activities and gene-regulatory networks were identified by running SCENIC workflow on raw scRNA-Seq data. RESULTS. Thyrotropes (n=82) occupy <2 % of the total cellular inventory in mouse anterior pituitary (n=4486), showing distinct transcriptional and regulatory signatures as compared with other secretory cells. SCENIC analysis identified 129 transcriptional regulons that exhibit the strongest activities in thyrotrope subpopulation, revealing a number of novel and archetypal, bona fide regulators. CONCLUSIONS. Our single cell atlas of adult murine thyrotropes provides an insight into their transcriptional organization and regulation, providing a starting point for novel analyses.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:152:010454
Studijski programNaziv: Medicinsko laboratorijska dijagnostika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra medicinsko laboratorijske dijagnostike (mag. med. lab. diag.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-06-25 05:38:07