prikaz prve stranice dokumenta Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni
  Download
PDF 1.85 MB
master's thesis
Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni
Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2023. urn:nbn:hr:159:909094
Vasari, Karla
University of Zagreb
Faculty of Food Technology and Biotechnology
Department of Biochemical Engineering
Section for Bioinformatics

Institutional repository: Repository of the Faculty of Food Technology and Biotechnology

Cite this document

Vasari, K. (2023). Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Vasari, Karla. "Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Vasari, Karla. "Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Vasari, K. (2023). 'Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, accessed 28 June 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Vasari K. Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology; 2023 [cited 2024 June 28] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

K. Vasari, "Genske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Food Technology and Biotechnology, Zagreb, 2023. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:159:909094

Metadata
TitleGenske nakupine za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas: identifikacija mehanizama inhibicije patogenih vodenih plijesni
Title (english)Biosynthetic gene clusters for the production of secondary metabolites in the genomes of Pseudomonas bacteria: identification of inhibition mechanisms of pathogenic water molds
AuthorKarla Vasari
MentorJurica Žučko (mentor)
MentorAna Bielen (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
Committee memberMarina Cvjetko Bubalo (predsjednik povjerenstva)
Committee memberAna Bielen (član povjerenstva)
Committee memberJanko Diminić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Zagreb
Faculty of Food Technology and Biotechnology
(Department of Biochemical Engineering)
(Section for Bioinformatics)
Zagreb
Defense date and country2023-12-21, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOTECHNICAL SCIENCES
Biotechnology
Abstract
Patogene vodene plijesni Aphanomyces astaci i Saprolegnia parasitica uzročnici su velikih šteta u akvakulturi pa je potrebno razviti ekološki prihvatljive metode njihove kontrole. Cilj ovog rada bio je in silico metodama identificirati biosintetske genske nakupine (engl. Biosynthetic Gene Clusters, BGC) za proizvodnju sekundarnih metabolita u genomima bakterija iz roda Pseudomonas. Sekvencirano je devet genoma okolišnih Pseudomonas izolata, od kojih je za šest ranije utvrđeno da inhibiraju A. astaci i/ili S. parasitica, a tri nisu pokazivala inhibicijski učinak. Nakon sastavljanja i analize genoma odabrana su dva filogenetski srodna izolata, inhibitor P. cerasi PL3-3 i ne-inhibitor P. syringae AT16-2, za identifikaciju BGC-a. U oba genoma je identificirano najviše BGC-a za proizvodnju siderofora (3) i lipopeptidnih biosurfaktanata (2). Kod inhibitora su pronađeni BGC za proizvodnju siringolina A, secimida, peptida FR901228, ektoina i neidentificiranog NRP-a, a kod neinhibitora nisu pa se može pretpostaviti da su ovi spojevi ključni za inhibicijsku aktivnost izolata P. cerasi PL3-3.
Abstract (english)
The pathogenic water moulds Aphanomyces astaci and Saprolegnia parasitica cause major losses in aquaculture, making it necessary to develop environmentally friendly control methods. The aim of this study was to identify in silico biosynthetic gene clusters (BGC) in the genomes of Pseudomonas bacteria that produce secondary metabolites. Nine genomes of Pseudomonas isolates were sequenced, six of which had previously shown an inhibitory effect on A. astaci and/or S. parasitica and three of which showed no inhibitory effect. After genome assembly and analysis, two phylogenetically related isolates, the inhibitor P. cerasi PL3-3 and the non-inhibitor P. syringae AT16- 2, were selected for the identification of BGCs. In both genomes, most BGCs were identified for the production of siderophores (3) and lipopeptide biosurfactants (2). BGCs producing syringolin A, secimide, peptide FR901228, ectoine and unidentified NRP were found in the inhibitor but not in the non-inhibitor, suggesting that these compounds may be crucial for the inhibitory activity of the P. cerasi PL3-3 isolate.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:159:909094
Study programmeTitle: Molecular Biotechnology
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsOpen access
Terms of useLicence Attribution-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-ND 4.0) icon
Created on2024-06-05 07:56:13